旦，孫中山在軍政府演說，表示“護法”不能解決問題，希望國會在廣東組織正式政府。這個訊息釋出出來，海外華僑國民黨支部紛紛電請速選總統。陳炯明卻禁止廣州各報登載有關總統問題的報道。4月7日，非常國會召開兩院聯合會，由參議院議長林森主持，首先透過非常會議的動議，在非常會議中討論周震麟所提的“###政府組織大綱”，接著丁蹇動議續開二讀會，照組織大綱原案七條透過。最後，非常國會採取“開快車”的辦法選舉總統，除廢票一張和投陳炯明的3票外，孫中山在222票中以218票當選為總統。

孫中山於5月5日就總統職，當天除電勸北京總統徐世昌自行引退外，另有宣言指出：“今欲解決中央與地方永久之糾紛，惟有使各省人民完成自治，自訂省憲法，自選省長。中央分權於各省，各省分權於各縣，庶幾既分離之民國，得以自治主義相結合，以歸於統一”。

孫中山就職後，任命伍廷芳為外交總長，陳炯明為內務總長，李烈鈞為參謀總長，馬君武為總統秘書長。5月9日孫又任命川湘滇黔四省總司令和省長，這些人都是原來臺上的人物，而各省軍閥也都置之不理。

孫中山、陳炯明在###桂系問題上意見是一致的。6月20日陳出發到肇慶，26日孫發表命令派他為“援桂軍總司令”。就在26日，陳炳焜部將劉震寰響應粵軍宣佈獨立，陳炳焜逃往 潯州；粵軍佔領梧州。孫任命劉震寰為桂軍第一師師長。

陸榮廷並不重視梧州的陷落，他叫沈鴻英進攻英德、三水，又叫林俊廷等迅速由高雷一帶北進，這個雙管齊下的軍事計劃不但可以直接威脅廣州，而且可以截斷梧州粵軍的後路。但是此時沈鴻英看見形勢不利，就不肯接受陸的排程了，他曾透過趙恆惕轉達陳炯明，願意宣佈自治，履行以前的條約。但陳炯明不肯相信他了，北江粵軍一路由英德、韶關向西進攻，從7月3日到8日，信都、陽山、連縣、連山都被粵軍收復。9月退往賀富大山的沈軍司令黃自高、沈榮光等推舉沈鴻英為“救桂軍總司令”宣佈廣西“自治”，脫離陸榮廷關係，與廣東採取一致的態度。

與此同時，桂北和桂西也起了變化：黔軍谷正倫、胡瑛兩旅沿盆江南下，唐繼堯舊部胡若愚、李友勳兩旅由迤南開進，李烈鈞所屬朱培德、楊益謙兩旅由湘西開到，都集中在桂西北一帶。為了統一指揮，唐繼堯、盧燾把他們的部隊撥歸李烈鈞指揮，因此李號稱為“滇黔贛討陸聯軍總司令”，準備向桂林、柳州兩面進攻。趙恆惕也因陳炯明的一再請求，派謝國光、羅先輳Я鉸謾昂推秸劑臁憊鵒幀�

7月中旬，由梧州西進的粵軍以破竹之勢佔領藤縣、容縣、北流、平南、潯州、貴縣，活動於高雷欽廉一帶的桂軍也失敗了。

沈軍宣佈“自治”後，各地桂軍紛紛響應，7月12日旅長賁克昭在柳州自稱柳慶救桂軍總司令，14日統領秦少衢逐走陳炳焜、李祥祿（桂北鎮守使）自稱桂林救桂軍總司令，韋榮昌、劉達慶、韓採鳳在貴縣陷落後也都宣佈“自治”。　陸榮廷鑑於大勢已去，16日通電下野，將政權交與沈鴻英，並令龍州鎮守使黃培桂移駐南寧代理督軍、省長兩職，他自己偕同譚浩明由南寧逃往龍州。

北路粵軍認為沈軍宣佈“自治”是詐降計，仍然繼續進攻，7月24日沈軍退出賀縣、富川。這時湘軍已開進桂林，滇軍李友勳、黔軍谷正倫兩部也進攻入懷遠、慶遠，桂軍韋榮昌、林俊廷、劉達慶、劉炳宇、李祥祿等退到柳州來。8月3日湘軍由桂林撤去，沈軍一度佔領桂林，13日又被滇軍胡若遇部逐走，逃往全州。

柳州桂軍表示願意停止戰鬥，接受改編，即向南寧退走。陳炯明派韋榮昌、黃培桂主持改編桂軍事宜，8月5日韋榮昌等迎接粵軍和平開進南寧。但是陸榮廷還在龍州收集殘兵