統地位，與隆武帝之間產生矛盾，雙方相互消耗，使得南明政權內部陷入分裂狀態。到了1646年9月29日，隆武帝朱聿鍵無視群臣勸阻，親自率領數千士兵出征，但此時鄭芝龍早已暗中投降清軍，使得清軍得以長驅直入，直逼福建。

隆武帝在逃跑途中被清軍所殺，隆武政權也隨之滅亡。鄭芝龍投降清朝之後，他的兒子鄭成功選擇退守金門，並堅決拒絕投降清朝。此後，鄭成功開始在沿海地區廣泛招募士兵、收集失散的部隊並募集兵力。

1646年，隆武帝朱聿鍵死後，明神宗朱翊鈞的孫子朱由榔被擁立為皇帝，即永曆帝。永曆政權正式建立。同年，隆武帝的弟弟朱聿鐭在廣州被擁立為皇帝，建立了紹武政權。然而，這個政權僅存在了短短四十餘天，便與永曆政權相互攻擊和征伐。此時，清軍趁虛而入，攻佔了廣州，朱聿鐭最終選擇自殺，紹武政權宣告滅亡。

1647年，大西政權的領袖張獻忠因為部下的叛變而遭受重創，導致清軍攻破了他的大本營。張獻忠身受重傷，最終不幸離世。張獻忠死後，大西政權的將領孫可望等人率領軍隊南下，並與永曆帝聯手共同抵抗清朝。同年，桂王朱常瀛向各路大軍表達了不願意偏安一隅的決心，他開始積極準備收復失地。

僅僅半年時間，福建多地就被成功收復，清朝在福建的統治已經到了崩潰的邊緣。然而，就在明朝復興形勢一片大好的時候，南明朝廷內部的爭鬥再次爆發。一些人企圖架空朱一海，以獲取實際權力。他們排斥異己、殘害忠良、擅自殺害大臣，導致魯堅國軍隊的戰鬥力大幅下降。之前攻佔的地區又被清軍奪回。

1651年，清軍攻破舟山，魯王朱以海逃往金門，並被迫取消了建國的名號。最終，他在金門病逝。1652年春天，清軍大規模進攻貴州和川南。李定國發起反擊，率領八萬大軍出征廣西，攻克桂林，繼而攻入湖南和廣東。清廷的定南王孔有德戰敗自殺。隨後，李定國又在杭州擊敗了清朝王爺尼堪，這場戰役被稱為“兩撅明王”。

兩撅明王天下震動，抗清鬥爭再次出現高潮。然而，就在這個關鍵時刻，孫可望與李定國之間的矛盾爆發了。孫可望嫉妒李定國的功勞和地位，陰謀策劃殺害他。雙方開始不斷互相攻擊，戰爭一觸即發。

1657年，孫可望親自率領10萬大軍，向李定國的3萬人發起進攻。但是，由於許多將領不願意參與內戰，紛紛倒戈相向，孫可望的10萬大軍瞬間崩潰。這場內戰讓抗清力量受到了嚴重的削弱。

1658年，孫可望叛變投降清朝，清軍趁機佔領了貴州和廣西。這使得明朝的形勢變得更加危急。

1659年，清軍分三路南下，永曆帝在十二月被迫逃往緬甸。明朝的統治已經搖搖欲墜。

而在另一邊，鄭成功也面臨著巨大的壓力。他曾先後進行了三次北伐，但都遭到了清軍的重創。儘管如此，他仍然堅持抵抗，希望能夠恢復明朝的統治。

鄭成功決定攻下臺灣， 3月23日 ，鄭成功親率大軍， 從金門攻打臺灣的荷蘭侵略者。 鄭成功採取正面進攻加圍困封鎖的策略， 繼沉了戰艦科克倫號 ，捕獲小艇三艘 ，戰敗的荷蘭軍開始倉皇逃跑 。在被圍困近九個月後，荷蘭殖民者因彈盡糧絕、大勢已去，不得不選擇投降。雙方代表簽訂《鄭和協議》，鄭成功終於如願以償地收復了臺灣。

收復臺灣後，鄭成功將其視為抗清的一個長久基地，希望能夠以此為據點，繼續與清朝對抗。為了實現反清復明的心願，他開始傾盡全力著手各方面的建設，包括開墾荒地、興修水利、發展農業等，致力於把臺灣打造成一個繁榮的地方。

然而，命運無常，鄭成功在臺灣僅僅待了一年便與世長辭。他的離去給鄭氏家族帶來了巨大的衝擊，也讓