臺灣的局勢變得撲朔迷離。此後，由於鄭氏家族內部的權力鬥爭以及清朝的不斷攻打，鄭成功的孫子鄭克爽最終選擇了向清朝投降。至此，明鄭政權宣告滅亡。

與此同時，1662年，吳三桂率領軍隊進入緬甸，將永曆帝朱由榔押解回了雲南。不久之後，永曆帝朱由榔被絞死，南明政權也隨之覆滅。