，晉爵鄂國公，加太子太傅。

1650年夏，馬進忠自八十里山出屯於興安之西延鎮。

是年冬，孫可望在貴陽，假詔敕稱秦王，總統天下兵馬，召馬進忠，馬進忠率全軍附於孫可望。

1652年，李定國出雲南，孫可望令馬進忠隨定國出師湖南，連戰皆捷，大破清軍，使南明抗清戰局復振。

不過，因為孫可望暗中給李定國拆臺，命令馮雙禮撤軍，馮軍撤走，馬進忠也隨之而走，怒坑李定國一把，使得衡州戰役沒有取得最大效果。

因為馬進忠等人的離去，使得李定國大軍要孤軍作戰，李定國確實是百戰名將，頂著尼堪大軍的巨大壓力，仍然將尼堪擊斃，但因為所屬兵力不足，只能無奈被迫放棄衡州。

不過也正因如此，馬進忠被朝廷解除兵權，最終悲憤成疾，卒於貴陽，結束了自己的一身。