淮西，對這一帶地區的破壞十分嚴重，而由余商家軍守住了揚州，淮東基本沒有受到什麼損害，而且以後清軍如杲再度南侵，淮西依然還是主戰場，因此商毅只能退而求其次，只是把淮東地區先劃入自己的實際控制範圍。

淮東地區亦可稱為蘇北地區，實際就是揚州府、淮安府兩個府治，但北接山東、南連江南，可以把商毅目前的勢力範圍連成一片，而且背靠大海，也有利於發揮商家軍的海上優勢。而另一方面這兩個多月以來，商家軍在揚州、淮安地區也建立了初步的民眾基礎，有利於商家軍在這裡速度建立起統治基礎。

揚州府位於長江北岸的出海口，與蘇州府隔江相望，而現在蘇州府實際也算是商毅的勢力範圍了，現在江南、江北這兩塊地區也基本算是連結起來。但目前商家軍並沒有完全佔領整個淮安府，只是控制著黃河以南的地區，淮安府的大部份地區，都還有清軍的控制之下，不過由於清軍新敗，現在這一地區的統制基礎十分薄弱，因此商毅的下一步目標就是渡過黃河，發動魯南戰役，收取整個淮安府，打通江淮和山東的連結。

不過江淮之戰結束以後，商家軍計程車兵也十分疲勞，需要進行一段時間的修整，還有損失計程車兵也需要補充，而且這一次作戰，也需要和山東的商家軍配合作戰，分從南北兩路一起用兵才行。因此商毅也決定，命各路人馬暫時休整十到十五天的時間，然後再發動這次戰役。

而在休整的同時，商毅也下令到登州，招周少桓到淮安，和自己會面，一方面商議一下兩路用兵的計劃，另一方面也想詳細瞭解山東戰區這幾個月以來的發展情況；又命令第五師返回江南去駐紮，第一、三、四師留在江北，一面休整，一面備戰。並且又通知杭州的葉瑤瑱和周士奇，馬上安排調動一批行政人員過去，要在揚州和淮安建立起商家軍的行政機構糸統。

接到了商毅的命令之後，周少桓也和唐鎮兩人立刻動身乘船南下，因為約定是在淮安碰頭，路程比到杭州也減少了一半多，因此只用了九天時間，周少桓就趕到了淮安。

這時成進、段鵬、楊武丞、羅遠斌、王信等人都在淮安聚齊，周少桓、唐鎮和他們差不多有一年沒見面了；這次相見，自然都是十分高興，拍肩搭背也少不了，互相之間都問候一番之後，周少桓和唐鎮才見到商毅，兩人首先向商毅彙報了在他離開山東之後，商家軍在山東的進展情況。

進入弘光元年（1645年）之後，山東雖然也是戰事不斷，但基本都是千人以下規模的小戰鬥，因為周少桓也牢記商毅離開時候的教導，不以奪取大城市為目地，也不發動大中規模的戰役，仍然是以小規模游擊戰為主，把部隊分散為以營為單位，尋找機會打擊清軍的薄弱環節，並逐步向濟南府、兗州府的地區滲透。

儘管商家軍這樣的戰術，令駐守阿巴泰十分頭疼，但他也不敢冒然進兵，只能分兵把守各處要地，被動的防守，目前總算還是保住山東現有的州府城市，至於縣城，也就只好聽之任之，因為阿巴泰也實在是力不能及。

到了四月份的時候，商家軍的實際控制區域己經大大增加，在青州府境內，只有北面的青州、臨淄，南部的莒州、蒙陰等少數城市還在清軍的控制之下，而其餘的廣大地區都被商家軍佔領。而且商家軍還佔領了濟南府的東北的利津、蒲臺、沾化、海豐、陽信等縣以及附近的鄉鎮，現在商家軍在山東地區的實際控制面積達七萬平方公里左右，約佔山東總面積的四成左右，戶籍四十二萬七千戶，人口有一百九十二萬四千餘人。

在軍事建設方面，山東商家軍的數目也進一步擴大，除了第二師以外，駐穆陵關獨立團己經擴編到八個團，實際達到了一個旅的編制，而在登州地區又新增了兩個旅的編制，還組建了一個騎兵團，一個偵察團。此外還有相當數量的民