制定的臨時約法。孫中山的基本軍隊，是前海軍總長程璧光和現任第一艦隊司令林葆懌所掌握的海軍艦隊。黎元洪沒有南下，原國會議員陸續來到廣州的有一百五十餘人。於是以這批議員為基礎召開國會非常會議，透過了一個名叫《軍政府組織大綱》的條例，選舉孫中山為大元帥，兩廣巡閱使陸榮廷、雲南督軍唐繼堯為元帥。軍政府設財政、外交、內務、陸軍、海軍等六部。這樣，中國又出現南北兩個政府了。

以正統自居的段祺瑞政府當然不能容忍廣州的軍政府，他想透過控制湖南來征戰兩廣。於是，南北兩方在湖南擺開了大戰場，結果北軍失利，導致段內閣倒臺，總統馮國璋委任北洋元老王士珍為國務總理。王士珍只當了三個月的總理，便又被段祺瑞擠下臺，段再次復出就任總理。這時，進攻湖南的曹錕及其部下吳佩孚屢屢獲勝，段封曹為川粵湘贛四省經略使。曹錕督直而經略四省，成為民國以來地方官員權力最大的人。吳佩孚也被授予孚威將軍、援粵軍副總司令。吳原以為打下了湖南，可以做湘督，但湘督卻讓張敬堯搶去了，心中不快，雖掛了個援粵軍副總司令的名，但安坐衡陽，並不南下援粵。段祺瑞武力征服南方軍政府的目的未能達到。半年後，段又下臺。北方政府的總統換成徐世昌，總理換成錢能訓。

南方的軍政府內部也不團結。陸榮廷、唐繼堯並不是孫中山的同志，不情願處於孫之下。孫除部分海軍外並無其他軍隊，敵不過陸、唐。於是，軍政府由大元帥制改為七總裁制。這七個總裁是：陸榮廷、唐繼堯、孫中山、唐紹儀、伍廷芳、林葆懌、岑春煊，由岑擔任主席總裁。孫中山遭排擠，遂離開廣東來到上海。

居住上海期間，孫中山致力於革命政黨的改造，將中華革命黨改組為中國國民黨。在“國民黨”的前面加上“中國”二字，為的是區別於民國元年的那個國民黨。他又撰寫出版了《孫文學說》一書，闡述革命理論，為國民革命的下一步發展奠定了重要的基礎。

這時，隨著曹錕、吳佩孚實力的加強，他們與段祺瑞派的矛盾越來越激烈。曹錕是直隸人，曹派被稱作直系。段祺瑞是安徽人，段派被稱作皖系。北洋軍便正式裂變為直、皖兩系。在東北，土匪出身的張作霖已迅速崛起，成為東北三省的土霸王。張作霖是遼寧人，張派被稱為奉系。曹錕與張作霖聯合通電討段，奉軍入關，直奉聯合打敗了皖系。不久，直奉之間又因分贓不勻火併。結果奉系大敗，退回關外。

南方軍政府也因為派系矛盾，隨著孫中山、唐紹儀、伍廷芳相繼辭去總裁終於全盤瓦解。

中國實際上已處於無政府狀態。於是不少省倡導聯省自治，即像美國聯邦自治一樣，各省由本省自己管理，在省之上有一個鬆散的聯盟組織，用以對外。這個倡議以湖南叫得最響，還居然制定了一個湖南省憲法。當然，這個省憲也只是一紙空文而已。

此時，在廣東省崛起一個年輕的軍事實力人物，此人名叫陳炯明。他一九○九年加入同盟會，兩年後辛亥革命成功，年僅二十四歲的陳炯明便做了廣東省的副都督，不久又做了都督。一九一三年國民黨發動二次革命，陳炯明也參加了，失敗後逃亡海外。一九一五年，陳回國參加討袁行列，組織粵軍，自任總司令。袁死後，陳公開擁護孫中山。

革命成功前的老同盟會員，兩次反袁的經歷，使得孫對陳很是信賴，引為自己的革命同志。當陳炯明的軍隊控制了廣東的政局後，電邀孫中山回粵，孫欣然離滬回穗。

其實，陳炯明並非中山信徒。他邀孫回粵，只是想利用孫的崇高威望為自己撐臉面。孫中山回到廣州後，立即著手重新組建政府。陳是贊成聯省自治的，他一心只想做廣東王，對孫中山統一全國的主張甚為反感。但他拗不過孫，只得勉強同意。在二百二十個非常國會議員的擁戴下，