這開闊浩瀚的阿布基爾水域沒有充分的防衛設施。8月1日下午，納爾遜艦隊的14艘戰艦，載著1000多門火炮，順風駛至阿布基爾。法國艦隊指揮立即發出緊急集合訊號，可這時幾乎有一半人員還在岸上搜集飲水和給養。納爾遜判斷在法國艦隊的停泊線和淺灘之間，必有足夠的地方可容英國艦隻插進去，於是，他作了一個極為大膽、近乎冒險的決定：把艦隊一分為二，5艘軍艦插入法國艦隊和淺灘之間，其餘艦隻則在朝海的一面，沿著法國軍艦停泊線活動，從兩方夾攻法艦。法國艦隊在面臨陸地的這一面沒有配置炮手，因為他們作夢也不會想到這一面也會受到攻擊。法國艦隊左右兩邊受到英艦近距離的炮火轟擊，只有招架之功，無還手之力。黃昏時，法旗艦〃東方〃號爆炸，艦隊司令布律埃斯陣亡。次日拂曉，除了兩艘主力艦和兩艘巡洋艦得以逃脫外，其餘艦隻均已喪失行動能力。

拿破崙素以精力旺盛，鎮定自若而著稱，可他得知這一悲慘訊息後，也經不住這突如其來的打擊，他臉色發白，悲痛萬分。他一眼就估量出這幕慘劇所帶來的致命後果：同法國一切交通都被切斷，返回法國的全部希望也隨之斷絕，除非屈尊向一個不共戴天的敵人投降。

當他的秘書規勸他耐心等待督政府的幫助時，他怒氣衝衝地嚷道：“督政府裡盡是一幫混蛋！他們嫉恨我，恨不得我死在這裡才快活。而且，你看全軍有多麼不滿，誰也不願呆下去。”

拿破崙相當地激動了一陣。可不久，籠罩著他的這種陰暗情緒就消除了，他又恢復了堅定自制和鎮靜。他意識到他現在最迫切的任務是振奮部隊精神，驅散悲觀情緒。他鼓舞部下說：“這樣，我們被隔絕在埃及的土地上了。這很好。我們必須在驚濤駭浪的大海上活下來，大海會平靜下來的。或許命運註定我們要改變東方的面貌。我們一定要留在這裡，像古代人那樣在這裡完成偉大的功業。〃〃埃及曾經是一個強盛的帝國。它在向英國的進攻戰中具有多麼優越的位置！〃〃我們將不得不創立一個大帝國。……海洋把我們和祖國分開了，可是隨便哪個海洋都不能把我們和非洲分開，也不能把我們和亞洲分開。我們的人數很多，我們不會缺少補充我們隊伍的人力，我們也不會缺少彈藥。〃拿破崙的一番話使士氣低落的軍隊重又充滿信心和希望。

艦隊的喪失使拿破崙確信，必須迅速而有效地把埃及組織起來，必須在埃及站穩腳跟，因為法軍還要在此地呆相當長的時間。拿破崙那靈活的、愛思索的腦袋似乎有使不完的勁，戰爭、防務、稅收、政府、法院機構、貿易、藝術和科學，全都引其他的注意。他毫不遲疑地發出一道道命令和指示，為的是防止與失敗俱來的迫在眉睫的危險。8月21日，拿破崙以法國科學院為模式建立了埃及科學院，蒙日任院長，拿破崙任副院長。科學院的任務就是促進埃及的進步和傳播文化。考古學者、地質學者和歷史學家從尼羅河到阿斯旺瀑布，考察古代王國的遺蹟。科學家、工程師們則研究防治傳染病和設計灌溉工程。在總工程師、建築學家勒佩爾的領導下，他們正在進行蘇伊士地峽的水準測量和聯結地中海、紅海的運河開鑿工程。由於艦隊的覆滅，專家學者們失去了絕大部分的財物和許多機械裝置，很多事情不得不從頭做起。他們擴大谷物的耕種面積，建造大型烘爐和麵包房，以解決糧食供應的困難；他們建造啤酒廠釀造土啤酒，以滿足部隊需要；他們建立鑄造廠和制硝廠，以供應機器、工具和火藥。所有這一切就是為了使法軍不需要依靠歐洲後方而生存下去。

為了確立法國人在埃及的絕對統治地位，拿破崙對一切膽敢與法國人作對的人絕不手軟。駐守在亞歷山大港的克萊貝爾將軍以叛國罪逮捕了這個城市的百萬富翁西弟。穆罕默德。艾裡。科拉伊姆。此人被押送到開羅後，法軍告訴他，如果想救