得到戰鬥機的空中掩護，損失更為慘重。中部戰鬥群空降雷西姆農，原計劃傘兵第2團的第1、第3營分別在機場的東西兩側著陸，對機場向心攻擊。因傘兵著陸散佈過大，第1營只有1個連在預定降落地點著陸，團長斯利姆上校和團部及直屬的兩個連降落在澳大利亞軍陣地，死傷過半，直至黃昏，該團也沒有奪取機場。

東部戰鬥群由布勞爾上校指揮，傘兵第1團和第2團第2營組成，共4個營，奪取伊臘克林市區和機場，布勞爾計劃各使用1個營攻擊市區和機場，另2個營分別在東西兩翼進行側翼掩護。但起飛時間延誤，而且還有600人因飛機損失而滯留出發機場。空降持續兩個多小時，著陸分散，建制混亂。布勞爾著陸後，看情況不好，於是集中攻擊機場，但直至天黑，毫無進展。

在雅典的施圖登特意識到戰局不利，三個機場無一得手，已著陸部隊缺乏統一指揮，傷亡慘重，極有可能全軍覆沒。當時，德軍一直在攻擊馬拉馬機場及其南部制高點107高地。防守機場的紐西蘭軍第22營，轄4個步兵連，兵力平均配置在機場和107高地。營部設在107高地。激戰中，機場與高地兩處守軍失去聯絡。下午，高地守軍撤向山頂，在得不到增援的情況下，指揮官喪失繼續堅守的信心，在得到批准後撤離。

此時，德軍西部戰鬥群也非常困難，不得已停止進攻。午夜，不足600人的德軍竭盡全力最後一擊，從西、南兩翼偷襲，沒料到摸上高地，英軍已撤離。天亮後，德軍居高臨下一舉攻佔馬拉馬機場。107高地的得失直接影響馬拉馬機場的得失，馬拉馬機場的得失又決定了克里特島之戰的勝負……

5日清晨，施圖登特將滯留機場的600名傘兵空降馬拉馬機場。16時，第5山地師乘飛機陸續到達，至日落時分，第5山地師已有一個團機降著陸，德軍實力明顯增強，戰局開始向有利於德軍的方向轉變。

英軍通訊系統在德軍猛烈空襲下遭到嚴重破壞，弗賴伯格沒及時獲悉馬拉馬機場失守，錯失奪回機場良機。當他得知馬拉馬的情況後，命令連夜實施反擊。可惜命令沒及時傳達，22日天亮英軍才發起反擊。在機場附近公路上遭到德軍航空兵猛烈攻擊，反擊未能奏效。

在雷西姆農和伊臘克林，德軍依然沒有轉機，甚至連在雷西姆農指揮作戰的傘兵第2團團長斯利姆上校戰鬥中被俘。7日天亮後，德空軍迫使英海軍撤回亞歷山大港。德軍隨即從海上向克里特島運送重灌備和部隊，島上的戰局進一步有利於德軍。

德軍完全佔領馬拉馬地區，並開始向幹尼亞發起進攻。第5傘兵師師長林格爾少將抵達島上，接過了西部戰鬥群的指揮權。當天，西部戰鬥群與中部戰鬥群會師。林格爾指揮第5山地師的一個團和滑翔突擊團、第3傘兵團的餘部全力進攻幹尼亞。

5日，德軍突破幹尼亞防線。11日，德軍攻佔幹尼亞市區。7日，德軍佔領蘇達灣。同時，意軍一個加強團在克里特島東岸登陸。13日，德軍佔領雷西姆農，並與伊臘克林附近的空降部隊會合。1940年4月15日，德軍完全佔領克里特島。

克里特島空降戰役歷時7天，以德軍佔領克里特島而告終。在戰役中，德軍陣亡、失蹤共計傷亡1。4萬人，其中包括第7空降師師長薩斯曼少將，，損失飛機220架，其中運輸機179架。德軍的空降師，在戰役中遭受了巨大損失，陣亡超過15000人，近三個傘兵師的四分之三；參戰的空降兵共計傷9500人，佔總數的三分之一。

由於德國空降部隊在此次戰役中的巨大損失，克里特島因此被稱為“德國傘兵的墳墓”。克里特島上的英聯邦軍隊陣亡1700人，傷1。5萬人；海軍傷亡約2000人，合計約1。8萬人。希臘軍隊被俘約6000人，傷亡約3000人