大營丟失，前鋒鎮主將餘新被俘，士卒及家人星散。能夠逃走的盡皆往其他軍營逃去，若非是管效忠等人不敢深追，明軍的損失只會更大。

遭到了突然襲擊，各營皆驚，且失去了前鋒鎮的營盤，防線破開了一個大口子，鄭成功只得倉促引兵暫退。

折騰了一天，鄭成功的大軍在觀音門到觀音山一線集結，準備在此接戰必將趁勝繼續進攻的清軍。

鄭成功原本紮營的儀鳳門一線在南京內城的北面，臨近長江。此番退到的所在，乃是外城的最北端，出了觀音門就是燕子磯。鄭成功在此列陣，已是不得不為之的險著，他的軍隊俱是步兵，繼續向東面的鎮江撤退顯然跑不過清軍的騎兵，在路上被清軍突襲，就更加危險。而且，前不久剛剛取得了大捷，他自然也是不願放棄這近在咫尺的南京城。

歷史上，鄭成功北伐南京還有一個原因就是清軍攻入雲貴，滿清在江南的兵力正處於千載難逢的極度空虛之中。此番若是不能成功，再想等到這樣的機會恐怕就不可能了，所以值得拼死一搏。

是夜，鄭成功開始在此間佈置防線。以左先鋒鎮楊祖統率援剿右鎮姚國泰、後勁鎮楊正、前沖鎮藍衍屯紮大山上，作犄角應援；中提督甘輝、五軍張英伏於山內；左武衛林勝、右虎衛陳魁列陣於山下迎敵；鄭成功本人則親督右虎衛陳鵬、右沖鎮萬祿在觀音門往來策應；後提督萬禮、宣毅左鎮萬義等堵御大橋頭大路；宣毅後鎮吳豪、正兵鎮韓英由水路抄躡其後；左沖鎮黃安專門負責水師，防止清軍由水上來犯。

清軍初戰得勝，城內各路清軍競相出城紮營。不出鄭成功意料，清軍果然還是要繼續進攻。待到五月二十四清晨，清軍以江南江寧左翼四旗昂邦章京喀喀木、蘇松提督張天祿、漢軍鑲黃旗固山額真劉良佐率領主力由陸路進逼；江南提督管效忠領兵由水路配合；江南江西總督馬國柱留守城內。

江南清軍盡出，主力直指觀音山，四鎮雖頑強抵抗，終因兵力不敵，幾乎全線崩潰，藍衍陣亡，楊祖、楊正、姚國泰領殘兵潰逃，山頭陣地被清軍佔領。而鄭成功派出右虎衛陳鵬、右沖鎮萬祿登山救援，但也為時已晚。

山頭陣地丟失，明軍的防線門戶大開。趁此時機，居高臨下的清軍趁勢向山下的明軍發起猛攻，將駐守山谷內的中提督甘輝、五軍張英部包圍，甘、張二將拼死突圍不成，甘輝被俘，張英陣亡。而列營於山下的林勝、陳魁兩鎮也全軍覆沒。後提督萬禮等在大橋頭遭到清兵首尾夾攻，兵敗，萬禮被俘，萬義泅水逃出。

防線洞穿，陸師全線潰敗，鄭成功只得率親衛趕往江邊調水師來掩護陸師撤退。

此時此刻，鄭成功調動水師，陳鵬和萬祿也在極力組織軍隊撤退。仰賴多年的嚴格訓練，大軍雖然潰敗，但是鄭成功親督的兩鎮卻還在陣地上掩護逃散下來的潰兵且戰且退。待鄭成功趕到水師，艦船上的大炮很快就開始傾瀉到清軍的佇列之中，極大的減輕了明軍陸師的壓力。

陣前撤退，這是再兇險不過的事情了，尤其是還是在慘敗的情況下，可是鄭成功憑藉著手中兩鎮的精銳和水師卻做到了這一點，大部分僥倖退到江邊的潰兵有條不紊的登上艦船，直到撤離此間。

只是原本的帥旗所在，負責協調潰兵撤退的參軍潘鍾庚及守衛帥旗的將士們卻被優勢清軍包圍，直至盡數陣亡之前，帥旗依舊飄揚在南京的外城之內。

撤出了南京，鄭成功沒有遲疑，馬上就放棄了此前收復的鎮江等地，將周全斌等留守的各鎮及鎮江降卒盡數帶走，撤到了崇明島上。

歷史上的南京之戰期間，崇明島尚在蘇松水師的留守部隊的控制當中，鄭成功四面圍攻，反而損兵折將，被迫放棄崇明撤回到福建。

如今，崇明已在明軍之手，鄭成功將失去建制的潰