920年兩任該聯盟主席。他積極支援穆斯林爭取在立法議會中佔有代表席位的鬥爭，並致力於印度教徒與穆斯林之間的政治團結，提出團結就能得救的口號。在促進印度國大黨和穆斯林聯盟的合作，謀求印度自治的活動中，成為著名的政治領導人之一。

1921年，因不同意國大黨領導人甘地的不合作綱領，退出國大黨。1929年提出要求穆斯林在中央立法會議中應占議席的1/3等“十四點計劃”。1930～1932年，參加倫敦討論印度問題的圓桌會議。1934年被選為“全印穆斯林聯盟”終身主席。1940年他提出“巴基斯坦”計劃，首先提出印度教徒和穆斯林為“兩個民族”，只有堅持政治上的平等，才能實現印度的安定和穆斯林自治。主張在穆斯林聚居地區建立獨立的伊斯蘭國家。此後，“全印穆斯林聯盟”在政治上控制了旁遮普以外的穆斯林佔多數的省份。1945年，“全印穆斯林聯盟”參加了中央立法議會選舉，贏得了穆斯林的所有席位。1947年5月，英國政府接受了穆斯林關於印度、巴基斯坦分治的政治要求，同年8月正式成立巴基斯坦自治領，真納就任第一任總督。他在巴基斯坦制憲會議上發表演說，重述先知穆罕默德的遺訓，強調穆斯林之間團結、平等和堅持信仰的重要性。著有《在巴基斯坦總督任內演講集》。1948年9月，真納因勞累過度，病逝於卡拉奇。被尊為“巴基斯坦國父”。巴基斯坦政府在卡拉奇修建了真納陵墓，供後人瞻仰。

1896年，20歲的真納取得高階律師資格回到故鄉。不久後，又去孟買創辦了律師事務所。非凡的辨才和淵博的學識使真納很快名聲鵲起。一旦掌握案情，在法庭上誰也辯不過他。有時甚至對法官，他也尖銳地反駁。一次，一位法官輕蔑地對他說：“真納先生，說話大聲些，我們聽不見你說的話。”真納回答說：“我是律師不是演員！”過了一會，那法官又對他提出了同樣的問題，他不客氣地回敬到：“您把前面的那堆書挪開，就會聽見我說的話了。”1906年，真納參加印度國民大會黨，開始了他的政治生涯。三年後，被孟買伊斯蘭教徒選為印度立法議會議員。1913年，他加入了代表印度穆斯林上層官僚、地主和資產階級利益的政黨——全印穆斯林聯盟（下簡稱“穆盟”）。

當時的印度社會還是在英國的殖民統治之下，宗教情況非常複雜，東孟加拉居要是伊斯蘭教徒，西孟加拉則多是印度教徒。長期以來，他們之間經常發生大規模的宗教紛爭和相互仇殺。為反對英國殖統治者，“穆盟”領導人感到新的政治鬥爭需要伊斯蘭教徒和印度教徒合作。第一次世界大戰期間，真納向伊斯蘭教徒發出呼籲書說：“難道我們不能埋葬我們的分歧，組成聯合陣線嗎？那樣，印度教的朋友將會更尊重我們，覺得我們更有資格和他們並肩站在一起！”

1924年，真納被選為“穆盟”主席。他在集會上再次苦口婆心地說：外國統治印度，並且繼續維持統治，主要因為印度人民尤其是印度教徒與伊斯蘭教徒不能團結一致，缺乏相互信任。我可以說，印度教徒與伊斯蘭教徒團結之日，就是印度實現自治領責任政府之時。然而，他的呼籲並沒有得到積極響應，真納失望之餘，到了倫敦，重操律師職業。後來，“穆盟”派人到倫敦勸說真納返回印度領導“穆盟”，並對他說：“你必須回去，人民需要你。只有你才能挽救穆斯林聯盟，使它獲得新生！”此後，真納往返於英國和印度之間。第二年，他被選為“穆盟”終身主席。1935年，英國國王批准印度政府法，印度有11省開始享有自治權。真納高興地結束了他在倫敦的生活，返回印度，領導“穆盟”