遊時，他半開玩笑地、半認真地對同行者表示遺憾：自己生得太晚了，無論如何不能像曾經征服過埃及的亞歷山大那樣，在那裡宣佈自己是上帝或上帝之子。他在義大利作戰時就經常想到埃及，他認為歐洲太小了，真正偉大的事業是在東方進行。1797年8月，他曾寫信給巴黎說：“不久的將來我們會感到，要真正打垮英國，就必須佔領埃及。〃因為佔領埃及不僅可以騷擾英國對印度的貿易通道和整個大英帝國，而且還可變埃及為法國殖民地，從而補償法國在西印度所喪失的殖民地。還可以為進一步征服英國財富的主要源泉印度建立有效基地。

儘管督政府認為進攻法國的老盟友土耳其蘇丹的領地埃及實屬不義之舉，但還是同意了拿破崙遠征埃及的方案。一方面，法國在戰勝大陸強國奧地利之後，迫切要求同反法聯盟的重新組織者英國決一雌雄；另一方面，督政府也希望戰爭吸引住拿破崙的旺盛精力和智慧，以免這個令人妒嫉的、野心勃勃的年輕人在巴黎和自己作對。督政府早已看出拿破崙再也不會輕易地服從自己，簽訂坎波福米奧和約就是一個很好的例證。特別是1797年12月1　0日歡迎他凱旋的時候，他不像一個年輕的軍人那樣，帶著激動的、感激的心情來接受祖國對自己的頌揚，而像一個古代羅馬皇帝在一次戰爭勝利之後去參加奴顏婢膝的議會所組織的慶祝凱旋的盛會一樣，態度冷淡，陰沉威嚴，不聲不響，把眼前的一切看成是理所當然、司空見慣的事。總之，他的態度十分令人不安。這次遠征埃及，正合督政府心願，如果得勝還朝，督政府可由此鞏固自己的統治。如果戰死疆場，督政府可由此去掉一塊心病，他們甘願忍受失去一位才華橫溢的將領的損失。遠征決定了，1798年3月5日，拿破崙被任命為埃及遠征軍總司令。

總司令立即展開了繁忙的準備工作：巡視海岸和海軍、組織遠征兵團、研究世界政治局勢的一切動態以及英國納爾遜艦隊活動的一切訊息。拿破崙幾乎是一個個地選拔遠征埃及計程車兵。他認識很多士兵，他有著極為驚人的記憶力，他知道哪個士兵勇敢、堅強，但經常飲酒；哪個士兵很聰明、靈敏，但容易疲勞，因為有疝氣病。為了使他的軍隊能在烈火般的陽光下作戰，能走過炎熱的、一望無邊的荒蕪的乾旱沙漠，他必須挑選能吃苦耐勞、身體健壯計程車兵。他還挑選了一批高階軍官，貝爾蒂埃繼續擔任他的參謀長，布律埃斯海軍上將擔任艦隊司令。除此之外，還有克萊貝爾、狄舍、拉納、貝西埃爾、繆拉、朱諾、達武、馬爾蒙等一批著名將軍。約瑟芬與前夫的兒子歐仁。博阿爾內也作為拿破崙的隨從副官一同前往。

出於對科學和文史的廣泛興趣，這次遠征還帶走了許多科學研究和工程技術人員。著名的數學家蒙日和化學家貝託萊為拿破崙挑選了數學家21名，天文學家3名，民用工程師1　7名，博物學家和礦業工程師13名，地理學家13名，火藥工程師3名，建築師3名，設計師、繪圖師8名，機械師10名，雕刻家1名，翻譯15名，文人10名，印刷工人22名，並帶有拉丁文、希臘文和阿拉伯文的排字字模。此外，還帶有豐富的圖書。古希臘詩人荷馬和古羅馬詩人維吉爾的詩集、盧梭的《新愛洛綺絲》、歌德的《少年維特之煩惱》、《聖經》、《古蘭經》、《吠陀經》、阿里昂的《亞歷山大大帝》、雷納爾的《歐洲人在東西印度開闢商業的政治和哲學史》以及伏爾泰、孟德斯鳩的著作統統都被收集在內。

5月9日，拿破崙從巴黎來到土倫，監督七軍團3。7萬人裝船的最後準備工作。在上船前夕，他對部