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在結束這番話時，元帥向皇帝伸過手，皇帝緊緊地把他摟在懷裡，默默地流著眼淚。1　809年5月31日清晨5點，拉納終於與世長辭，享年僅40歲。

拉納之死雖讓拿破崙痛苦不已，可並沒有動搖他要把戰爭打下去的決心，此時縈繞於他腦際的只有戰爭，他要用戰爭為自己增添榮譽和權力。他命令法軍加緊在羅堡島環築工事。

為了防止奧軍進攻，島上配備了攻城炮100餘門。接著大力修復和加固羅堡島與右岸的橋樑。在修復橋樑的三天裡，拿破崙每天夜晚冒著風雨親臨現場視察、督修，以鼓舞低落計程車氣。鑑於上次的教訓，法軍在浮橋上設立木柵，並以輕舟作哨艇巡邏，防止奧軍借水勢流放重物沖毀橋樑。島上還籌集了舟橋、浮橋等渡河器材，以應急需。為了表明堅守羅堡島的決心，法軍將此島改名為〃拿破崙島〃。與此同時，拿破崙下急令調動駐義大利法軍赴奧增援。

拿破崙在維也納和羅堡島兩地間來回奔波著，他一面重新部署軍隊和制定以後的作戰計劃，一面仔細閱讀著從他龐大帝國的各個地方送來的報告。他獲悉教皇庇護七世和紅衣主教都在宣傳埃斯林一戰是上帝對世界壓迫者、暴君、迫害教會者的懲罰時，怒火中燒，他牢牢地記住了教皇的一切行為。6月中旬，法軍得到了休息和增援，在羅堡島、維也納附近已集結了17萬人的兵力和584門大炮，拿破崙決定發動攻勢。但在決戰前，拿破崙覺得有必要解決一下教皇的問題。他宣佈羅馬城和教皇領地完全併入法蘭西帝國。於是，羅馬被法軍佔領，教皇掌握了將近1500年的所有一切全失去了，教皇本人也被解往法國南部的薩沃納監禁起來。

制服了教皇之後，拿破崙立即著手進行最後的軍事準備工作。此時的查理大公也在整頓部隊，調集兵力，準備等法軍再次渡河時轉取攻勢。查理大公精心選擇了防禦陣地。奧軍左翼從瓦格拉姆向東南延伸，在大約7公里的地段上部署了三個軍和大部分騎兵。奧軍右翼也以瓦格拉姆為起點，沿高地向西南延伸，一直伸到多瑙河岸邊，其正面約13公里，部署了4個軍。同時，查理大公還派出了部分兵力前進到阿斯佩恩地區，佔領前哨陣地。查理大公之所以如此部署，其目的是想依託高地與河流，構成一個形同聚能罩的弧形防線，等待法國主動來攻。一旦法軍落入他的弧形防線，他就可以揮動大軍，從兩翼向法軍側後出擊，將敵軍殲滅。可是，如此部署產生了一個致命弱點，那就是平分了兵力，留不出可供急用的預備隊。為了彌補這一缺陷，查理大公急令其弟弟約翰大公儘快趕到戰場參加戰鬥。當時，約翰大公率領15000人駐守在維也納以東的布拉迪斯拉發，離戰場約有三天的行程。這時，查理大公還有一個判斷錯誤，即認為法軍仍像上次那樣，從羅堡島上北渡多瑙河，因此，他把奧軍的主要防禦方向仍定在阿斯佩恩。

然而，久經戰陣的拿破崙是不會按查理大公的設想去採取行動的