一軍團7萬餘人，左路是霍恩洛厄指揮的第二軍團5。5萬人，包括薩克森士兵在內。右路是呂歇爾將軍指揮的獨立軍5萬人，其中包括兩個薩克森師。

普魯士軍隊曾在菲特烈大帝時威震一時，一些宮廷長官、軍事將領以及路易莎王后至今仍對其軍隊的威力深信不疑。他們認為，只要普魯士軍隊給拿破崙以勇敢的一擊，拿破崙的大軍就會一敗塗地，保王黨就可以在後方舉行暴動，拿破崙的政權會因此被推翻，波旁王朝可以輕而易舉地復辟。然而，這些自信的人卻忽略了一個事實，那就是如今不是菲特烈大帝時代，普軍的後勤、武器裝備大多停留在50年前菲特烈大帝時代的水平，其戰術思想仍固守傳統的〃線式戰術〃那一套，僵硬的隊形、遲緩的動作和有順序的排槍仍被認為是戰無不勝的，而對法軍寬鬆的隊形和比較放任的射擊紀律不屑一顧。普軍對於法國革命後法軍所發展的機動性和戰術彈性簡直毫無所知。普軍的將軍亦多年老保守者，年輕有才幹的人很難有機會破格提升。這些年老保守者一味以菲特烈時的老將自居，妄自驕矜，對新情況，新戰術漠不關心，且又重視排場、形式而不重實效。更為嚴重的是普將之間互不服氣，指揮難以統一，這必將導致行動遲緩，各行其事。所有這些，已預先決定了這場大戰的勝負。

9月25日，拿破崙離開巴黎。3天后，抵達梅因茲。至此，他對敵人的行動、實力及作戰計劃不甚瞭解，他所知道的僅為薩克森和普魯士締結了同盟，他必須對付他們的聯合兵力。法國陸軍對這個新戰場很不熟悉，因此，拿破崙堅持在尚未發動作戰之前應儘量蒐集一切有關地形的情報，他派工兵軍官前去偵察從圖林根森林通往普魯士和薩克森的道路。10月1日，拿破崙寫信給貝爾蒂埃說：“我希望你把曾作道路偵察的工兵軍官留在符茲堡，因為我要親自詢問他們有關地形性質的問題。……在班堡要建立一個麵包製造廠，能供給8萬人4天的口糧。班堡為一切軍事行動的中心。假使我們被豈不得不如此，則我想能在10日前發動進攻。”

實際上，此時的普軍仍未有明確的作戰計劃。9月24日和25日，普軍諸將會於瑙姆堡，商議作戰計劃。霍恩洛厄的意見是：布倫瑞克主力軍團迂迴圖林根山，由法蘭克福方向前進，以一部守備該山；自己率軍越過法蘭肯森林，經拜律寺、班堡前進；呂歇爾軍在右翼遊動，取守勢。總司令布倫瑞克則認為：以霍恩洛厄軍的一個師對付、牽制拜律寺方向的法軍；其餘的師均與主力會合，越過圖林根山，經愛爾富特至維爾茨堡取攻勢，切斷法軍交通線，奇襲其營地；呂歇爾軍則向法蘭克福大道前進，牽制東進的法軍。兩種方案引起了激烈爭論，兩位將軍各執己見，互不相讓。普王見此情景，只好將兩種方案來個折衷，以主力越圖林根山，霍恩洛尼越法蘭肯山，同時進入南德。然而，雙方仍不滿意。這時，又有人提出了第四種方案、第五種方案。命議連續開了10天，仍然沒有得出結果，只好暫時休會。

10月3日，拿破崙來到符茲堡，會見了偵察地形的工兵軍官，布萊門上校就是其中之一。布萊門上校曾冒充薩克森軍官，大搖大擺地透過普魯士防線，他經過柯堡、耶拿、薩爾費德，最後抵達瑙姆堡，為拿破崙帶回了大量重要情報和資料。拿破崙聽取彙報以後，估計敵軍主要展開在耶拿——埃森納赫一線，而且左翼是暴露的，只有一支2000人的小部隊進行掩護。根據這個判斷，拿破崙決定：集中法軍主力於右翼，以繆拉指揮的6個騎兵師為前衛，向拜律寺和霍夫方向實施主要進攻，大膽迂迴普軍左翼；同時，以路易。波拿巴指揮的兵力在法蘭克福方向牽制普軍的行動，並充當法軍的總預備隊。為了實施上述計劃，拿破崙將法軍劃分為左、中、右三路縱隊，分別向前開進。左路為拉納的第五軍、奧熱羅的第普軍，沿科堡、魯