軍艦逃出了首都。

拿破崙輕而易舉地佔領了葡萄牙，下一個該輪到西班牙了。拿破崙毫不猶豫地撕毀了與西班牙國王簽訂的和約，他要把西班牙併入自己的帝國，並立自己家族中的一人為國王，而此時西班牙國內的混亂狀況正好讓拿破崙有了可乘之機。

西班牙國王查理四世是個意志薄弱的昏君，他完全受王后及寵信戈多伊的控制。戈多伊憑著國王與王后賦予他的無限權力，在國內為非作歹，無惡不作。一時間西班牙經濟衰退，政局動盪不安，人民紛紛起來反對戈多伊。王位繼承人斐迪南在人民的支援下，公然與戈多伊為敵。然而，斐迪南勢單力薄，不足以推翻戈多伊的統治，於是，謀士們給他出了一個主意，讓他去向拿破崙的一位親祈求婚。他們以為與強大的法國皇帝聯姻，既能得到巨大的支援進行改革，推翻戈多伊的統治，又能保持國家的獨立，並且在對外政策的一切問題上有恃無恐。斐迪南正式向拿破崙的侄女求婚，但遭到拿破崙的拒絕。與此同時，查理四世也寫信向拿破崙求援，他認為王子反對戈多伊的企圖是想廢黜自己。父子倆都希望拿破崙支援自己來對付對方。可是，拿破崙此時想的是把他們父子二人都除掉，將自己的兄弟扶上西班牙王位。

11月的第一個星期中，拿破崙命令在巴榮納再成立一支新軍，兵力為3萬人，由杜邦將軍指揮。這支部隊以支援朱諾部隊為藉口進入西班牙。接著，蒙塞元帥的第二軍也進入西班牙。1808年2月，迪埃梅斯指揮的一個軍進入西班牙，並佔領了卡塔盧尼亞。不久，繆拉元帥以皇帝副帥的身份指揮西班牙境內的全部法軍。3月9日，拿破崙命令外交大臣康配尼轉告西班牙政府說，法軍5萬人將進入馬德里，其目的不過是假道卡地茲去圍攻直布羅陀。3月24日，繆拉率領蒙塞、杜邦兩軍進入馬德里，拿破崙則在巴榮納親自指揮這次軍事行動。這時，拿破崙在西班牙的軍隊已達11萬人。

查理四世、王后及戈多伊早已被拿破崙氣勢洶洶的部隊嚇壞了，他們決定逃出首都。可在阿蘭瑞茲一地，他們被憤怒的人民攔住了，戈多伊捱了一頓痛打，被關進了監獄。國王為了保全性命，被迫宣佈讓位給斐迪南。6天之後，繆拉率軍進入了西班牙首都。

這時，查理四世又後悔讓位斐迪南，他宣佈退位是違反自己意志的。於是，拿破崙以調停父子矛盾為名邀請西班牙波旁王朝全體家族到巴榮納。1808年4月30日，查理四世、王后、斐迪南、戈多伊以及王室所有親王都到了巴榮納。父子倆一見面就激烈爭吵，甚至大打出手。正當波旁家族全體成員準備聽候拿破崙的裁決時，拿破崙突然宣佈：查理四世和斐迪南二人都必須放棄王位。眾人還沒緩過神來，他又宣佈：為了他們個人的幸福和安寧，他已經決定不放他們回西班牙了。結果，西班牙國王和王后被送到楓丹白露，斐迪南和其他親王被送到瓦朗斯塔列朗公爵的城堡。5月10日，拿破崙任命自己的哥哥約瑟夫為西班牙國王，繆拉接替約瑟夫為那不勒斯國王。

拿破崙現在非常得意。西班牙波旁王族如此天真，自投羅網，以致他不費一槍一彈便得到了伊比利亞半島。一切進行得太順利了。正當拿破崙為自己的勝利自鳴得意時，一場風起雲湧的反抗法國侵略者的人民武裝鬥爭迅猛掀起。5月2日，馬德里人民舉行起義。儘管起義被鎮壓下去，但起義的火種已遍撒全國。人們到處襲殺法軍士兵，凡涉及拿破崙和戈多伊同黨嫌疑的人都被誅殺。在加的斯、塞維爾、卡塔里納，尤其是在巴侖西亞，街道全被鮮血染得通紅。

拿破崙並不把人民起義放在眼裡，因為展現在他面前的是用砍刀武裝起來的阿斯圖里亞斯的農民；是身穿破爛衣服、手拿生鏽獵槍的摩林納山上的牧人；是手拿鐵棍和長劍的卡塔洛尼亞的手工業工人。拿破崙輕蔑地稱他們為〃