主要目的是把匈奴人趕回外蒙古地區，讓他們遠離他們獲取食物和財富的絲綢之路。班超胸懷此大略，粉碎了在喀什（80年、87年）和葉兒羌（88年）發生的新叛亂，並使伊犁河畔的烏孫人成了他的盟友。班超從他派出的探子們那裡獲得情報，以及他對蠻族心理瞭如指掌，每次他總是大膽地、出奇不意地打擊敵人，在喀什，受他保護的傀儡王忠，於84年夥同莎車人、粟特人（索格底亞那人）和月氏人（或稱印度塞人）一起叛亂。喀什王忠在被班超從喀什趕跑之後，於公元87年佯裝自願歸附班超，並要求班超接見，在接見時，他隨身帶來了一支強悍的騎兵，用意是企圖發起突然攻擊。班超假裝不知並相信拜訪者的誠意，設宴款待。然而，當&ldo;酒一巡之後&rdo;，他捉住其王並砍下他的頭。與此同時，中國軍隊從隱蔽處出來，猛撲向敵人，並把他們全部殺掉。公元88年，班超在攻莎車之前，只有一小支軍隊（漢軍與於闐的援軍一樣多）去出擊已經得到庫車及鄰近城市來的、大約有5萬援軍支援的居民們。在夜間，班超佯裝撤退，後來又急行軍返回來猛攻該城，殺5幹人，迫使城民投降。

現在，只有庫車和焉耆還處於叛亂之中，這些地區正在四處收羅反中國的盟友，從蒙古種的匈奴人到月氏人或稱印度－塞人。印度－塞人國王‐‐也就是統治著阿富汗地區和北印度的強大的貴霜王朝的皇帝，可能當時是卡德菲斯一世‐‐未能與中國公主聯姻，心懷不滿，於公元90年，向帕米爾山區東北部派出一支遠徵隊去協助庫車反對班超。班超阻截了該軍與庫車人（他們可能為這支援軍儲備食物）之間的一切通道後就消失了。這些印度－塞人在沒有給養的情況下，在喀什噶爾無邊無際的許多小路中間冒險行進，未遭慘敗地得以撤退已是值得慶幸的了。庫車朝廷，在這次幾乎釀成災難的經歷之後聰明起來，於公元90年重新與中國建立起友好的關係（這是月氏人中的傳統政策）。

在北方的蒙古，竇憲和耿秉將軍取得了對北匈奴的偉大勝利（89－90年）。北車師和南車師（古城和吐魯番）的兩位國王立即恢復了他們與漢朝的聯絡。公元91年，中國將軍耿夔使匈奴再次遭到決定性的失敗。他進軍至外蒙古，很可能達到鄂爾渾河，俘虜了單幹的母親及其家庭的全體成員，立單於的弟弟於除踺為繼承人。93年，當新單於反叛中國時，中國派遣一支來自滿洲邊境的蒙古族部落鮮卑人對付他，他們打敗並殺死新單於，北匈奴再也沒有從這次災難中完全恢復過來。

於是，在失去了匈奴和印度－塞人兩方面的援助之後，塔里木北緣四個反叛國中的三個‐‐庫車、阿克蘇和吐魯番‐‐向班超投降（91年）。這位中國的勝利者接受了朝廷賜予的&ldo;都護&rdo;稱號，實際上是中亞的總督。他在庫車附近的一個小城乾城建立住所，而另一位中國將軍住在喀什。只有焉耆還未被征服。公元94年，班超率領來自庫車和鄯善（羅布泊地區）的輔助軍向焉耆進軍。焉耆居民徒勞地毀掉了架在格勒都斯河上的橋。班超趟過深齊腰部的河水，進入焉耆城前面的沼澤地。一些居民渡過博斯騰湖逃跑，但焉耆王被迫投降。班超為了報仇，就在19年前陳睦被害的地方砍下他的頭。班超&ldo;因縱兵鈔掠，斬首五千級，獲生口萬五千人，馬畜牛羊三十餘萬頭&rdo;。塔里木盆地全境至此全部征服。班超於97年命令其副將甘英出發，穿過安息‐‐即過阿爾薩息朝的帕提亞帝國‐‐去大秦，即中國對羅馬帝國的稱呼。但是，甘英被帕提亞人的謊言嚇住，沒有越過帕提亞人的領地，大概沒有達到羅馬的邊境就回來了。

班超於102年告老