佔領了香港。更讓李雲經震驚的是，英國總督居然在重兵壓境的形勢下，掛起了示降的白旗並宣佈向日軍無條件投降。

“鬼子，我跟你們拼了！”翌日清早，當李雲經看到門前大街到處都是淋漓的鮮血，橫七豎八躺滿了遇害的香港市民屍體時，氣得他雙眼迸火，恨不得衝上大街和那些手持刀槍的日本兵拼個你死我活。莊碧琴在後牢牢把他抱住，百般相勸，方才把他拉進家中。李雲經雖然進了家門，可他氣得臉面發白，渾身戰抖。突然“卟”地一口，噴出一口熱血。然後他一個踉蹌跌倒在地，就不省人事了。

自此，李雲經病情突然轉重。剛到香港時他只是不住地咳嗽，那時李雲經對此病並沒有引起注意，只認為這是感冒的後遺症。但他沒想到這無休止的咳嗽原來可以危及自身的性命，嚴重的時候，甚至可讓他不時咯出血來。最為嚴重的一次，竟然吐出了大半盆鮮血。後來，在莊碧琴和莊靜庵的多次勸說下，李雲經才不得不前往瑪莉教會醫院求醫，醫生的診斷很快就出來了，原來李雲經是得了嚴重的肺病。在當時的中國，肺病曾經被稱為肺癆，一般被視為難以醫愈的絕症。即便英國人辦的教會醫院，在當時也難以用藥物加以醫治。所以，當李雲經聽說自己的病被判定死刑後，他的心情忽然變得沉重了。

日本人佔領香港以後，李雲經的病情愈加嚴重起來。雖然病情轉重，但李雲經仍然堅持上工，直到那家商行因戰事緊張而倒閉為止。他又失了業。到了1943年深秋，李雲經的病情越來越沉重，身體也越來越消瘦，而且已經下不得床來了。莊碧琴和她兄長莊靜庵為救他一命，在香港和九龍遍請名醫調治。怎奈當時的醫療條件極差，儘管英國醫生施盡了醫術，也難以讓病入膏肓的李雲經起死回生。

當年初冬，李雲經已經進入彌留狀態，微細的脈搏，宛若遊絲一般。到了最後，水米幾乎都難以入口。就在李雲經病逝的前一天晚上，他忽然振作起精神來，以沙啞的嗓音召喚身邊的妻子，示意她把兒子叫到床前。李嘉誠當時已經15歲，生得虎頭虎腦。見爸爸氣若游絲地躺在燈影裡喘息，他竭力忍住不哭。李雲經攥住兒子的手，低聲喚他的名字：“阿誠！……”

“爸，您不要落淚，您肯定會好起來的。”李嘉誠已經意識到父子的生離死別就在眼前，可他儘量忍住眼淚，不讓父親見到他的痛楚神情。

李雲經無限愛憐地看著兒子，他用乾瘦的手輕輕撫摸兒子的前額，好一陣，他才說了一句話：“阿誠，爸對不起你了，把這個家就交給你了……”李嘉誠的眼淚終於樸簌簌地滾落而下。他知道父親的話就是對自己的最後叮囑，只聽李雲經輕聲地說道：“不管什麼時候，你都要記住，作學問才是正理啊。有一天，我希望你能成才，成為一個對國家有用的人才。……”

當天深夜，李雲經就含恨而死。

李雲經身後遺下長子李嘉誠和次子、三子及一個女兒。妻子莊碧琴一個女人開始支撐門戶。李雲經死後，他被安葬在香港羅湖邊上的沙嶺墳場。這裡是許多潮州人死後的安葬之地，沿著半山坡，排列著橫七豎八的一座座墳墓，李雲經的墓就建在半山之下。這座墳墓在李嘉誠長大成人以後，曾經先後進行過兩次重建和復修。一是1952年，第二次是2006年。第一次修墓是李嘉誠在香港剛剛創業，並在宵箕灣創辦長江塑膠廠以後，當時他在原來父親土墳的基礎上，重新用水泥澆灌成一個墳墓的穹窿，然後在墳前立下一塊石碑，上刻紅色大字：潮州李公雲經之墓。

第二次修墓時，李嘉誠已經成了香港商界的首富，並以長實集團主席的身份躋身於《福布斯》的排行榜。這次李嘉誠為乃父重新修墓，豎立了一方黑色大理石的石碑，碑面上鏤刻金字：廣東省潮州市顯考李公雲經太府君之墓。下署他及家人的名字及立碑時間