攫取喀喇契丹國的實際控制權之後，乃蠻王子與他昔日的盟友花刺子模蘇丹為劃分邊界幾乎兵戎相見。在一段時間內，蘇丹的統治在錫爾河以北的訛答刺。拓析（塔什干）和賽拉木（伊斯法吉勒）得到承認。但是，考慮到這些地區難於防守，蘇丹不久就把該地區的居民遷到錫爾河南邊。

屈出律對喀喇契丹國的實際統治是從1211年持續到1218年。這位阿爾泰山來的遊牧者已經成為大部分是定居民族的統治者，然而，他不知道如何統治他們。由哈拉汗朝王室的一些突厥族穆斯林小國王們統治的喀什噶爾是喀喇契丹國的屬地。直魯古在被推翻前不久曾監禁了喀什的哈拉汗朝汗王的兒子。屈出律釋放了這位年輕人，並把他作為自己的代表派去統治喀什，但是喀什噶爾的埃米爾們拒絕接受他，並處死了他（約1211年）。此後兩、三年內，屈出律的騎兵隊蹂躪了喀什噶爾（1211－13年或1214年），直到饑荒迫使喀什居民們接受了他的統治。降民們接著遭到了野蠻的宗教迫害。像大多數乃蠻人一樣，屈出律可能或多或少地是聶思托里安教的追隨者。不久，在他的妻子的影響下（她是喀喇契丹古兒汗的女兒），他企圖使喀什和於闐的穆斯林公開放棄伊斯蘭教，接受佛教或基督教。當於闐的首席伊瑪目反抗時，屈出律把他釘死在他辦的一所宗教學校的門口。在殘酷的宗教迫害之後，喀什噶爾基本上已經是一個穆斯林地區，它將把蒙古人作為解放者來歡迎。

屈出律並沒有使自己稍微避免引起伊犁河畔各族的不歡迎。如上所述，阿力麻裡（固爾扎）王布札兒已經效忠於成吉思汗。當他打獵時，屈出律對他發起了突然襲擊，並把他處死，但是，屈出律未能佔領阿力麻裡城，該城由布札兒的遺孀薩爾貝克突幹守衛著。以後她的兒子蘇格納黑特勤成了成吉思汗反屈出律的最積極的擁護者之一。

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