分析的眼光，強調忠誠的物件，是上層統治階級呢，還是底層的貧民大眾。對於他而言，知識階層永遠是一張皮，自身無法獨立地生存，最後總是要依附於一定的階級。所以，在吳晗的心理深層，對群體有著強烈的依賴感，他不習慣天馬行空，獨往獨來。為了實現與黑暗的抗爭，吳晗必須尋找正義的化身，尋找自己的群體歸宿。一旦自認為找到了真理，找到了奮鬥的正確方向，他就願意將自己全部交出去，交給這個代表著光明和真理的事業。吳晗的政治頭腦是單純而又率真的。那種對組織的忠厚誠篤，使得吳晗漸漸喪失了自我的判斷能力，無論正確還是錯誤，一切都取決於組織。可以說，從吳晗過問政治的起初，他那種對知識分子的理解和參與政治的方式，就埋下了往後人生悲劇的種子。

作為一介書生，吳晗與黑暗勢力抗爭的武器是那麼地有限，首先想到的自然是“以筆作槍”。1943年以後，吳晗的學術論文驟然減少，代之而起的是大量充滿批判性的時文。吳晗寫時文有他的專業特點，不像聞一多那樣直抒胸臆，而是透過歷史影射現實，所謂“古為今用”。本來，為了服從###的需要，“古為今用”式的影射策略在時文中用用，自然也無妨。但久而久之，竟然不知不覺地變為吳晗的思維習慣，帶進了學術研究之中。最明顯的例子，莫過於他的三改《朱元璋傳》了。

這本吳晗的代表作（1944年初版的書名叫《明太祖》），原初的寫作動機就有“透過明太祖攻擊蔣介石，指桑罵槐”的意思。1948年作第一次修改時影射的色彩更濃了，朱元璋幾乎成為蔣介石的化身。這本書後來得到了毛澤東的重視，多次與吳晗當面討論書中的細節，指示說“朱元璋是農民起義領袖，是該肯定的，應該寫的好點，不要寫得那麼壞（指朱的晚年）”，還專函希望他以“歷史唯物主義作為觀察歷史的方法論”，“加力用一番功夫”。根據最高領袖的旨意，吳晗在解放之後，又兩次修改書稿，根據階級分析的方法再塑朱元璋之形象。應該說，接受過嚴格史學訓練的吳晗在史料考據上比之以前是嚴謹了，但修改後的整體質量卻大不如前。如果說，解放前的稿子還帶有吳晗強烈的學術個性和流動生輝般文采的話，那麼，那奉旨修改的後兩稿，顯得是那樣的平庸、呆板，一如同時代的大部分史學著作，焉焉然無生氣也。

吳晗所喪失的，豈止是一部有希望的史學傳記，更重要的是，他失去了作為一個學者，其職業道德所要求的獨立品格。一個知識分子，既可以扮演社會批評者的角色，也可以扮演學者的角色，這兩種角色有各自獨立的價值和意義，也有各自不同的角色邏輯和操作道德。如果一個學者想盡點良知的責任，儘可以透過議政的方式，而不必連學術也搭進去，將之淪為政治的附庸。按照韋伯的說法，學者在從事學術工作時是應該“價值中立”的，求知是其最高的也是唯一的目的，這是一個學者對自身職業尊嚴和專業價值最好的維護，也是最起碼的職業道德。然而，30年代以後的左翼史學界，卻有一種流弊深遠的“影射史學”傳統，一種“史學為政治服務”的黨派意識。吳晗是深得其害的。將學術作為###的工具，其短期效果也許十分過癮，但對學術的戕害卻不言而喻。當學術被學者們自覺地綁在政治戰車上面的時候，其個人命運也註定由不得自己了，是座上客還是階下囚，統統取決於領袖的一己意志和整體佈局。作為歷史學家的吳晗，解放之後那從榮貴到受辱的大喜大悲人生，豈非正是如此？

儘管吳晗將自己整個身心包括學術事業都獻給了革命，而且還擔任了民盟北平支部的負責人，但從骨子裡說，他依然是一名學者，渴望早日回到自己的書齋，回到久違的學術崗位。他曾經與聞一多相約，“等到民主政治實現，便立刻退回書齋，去充實自己，專心著作”。然而，新中國成立後的第