口上，烏黑的炮口伸了出來，這是法軍的小型機動野戰炮。當馬穆魯克騎兵衝到離法軍僅500米時，法軍指揮官高舉戰刀的手猛地往下一劈，法軍各方陣同時噴射出密集的子彈。

戰場上頓時槍炮齊鳴，人喊馬嘶。法軍的滑膛槍彈和榴霰彈將馬穆魯克騎兵成平地掃倒。不過幾分鐘，馬穆魯克的騎兵已被大量殺傷。少數騎兵衝得較快，奮不顧身地突入法軍方陣，砍倒了幾個法軍士兵，但隨後也都在刺刀叢中喪了命。還有幾股騎兵衝進了兩個方陣間的夾道里，結果被猛烈的交叉炮火殺死。馬穆魯克兵傷亡越來越嚴重，而法軍方陣卻巋然不動。無情的刺刀和轟鳴的炮火迫使馬穆魯克殘存的幾千騎兵不得不後撤。拿破崙乘勢揮軍前進，中央的狄舍師團迅速截斷了部分敵騎兵的退路，並將他們消滅。左翼的法軍很快突入敵步兵軍團陣地，毫無困難地越過土壘，奪取了那幾十門笨重的大炮。右翼的法軍也擊潰了部落兵，繳獲了數百頭駱駝。戰敗的敵人走投無路，成群地跳入尼羅河中，溺死者無數。來不及跳河的，均遭法軍殺戮，頓時尼羅河水被鮮血染得通紅。穆拉德貝伊率3000殘兵倉皇逃走。右岸上的易卜拉欣貝伊見大勢已去，也率軍撤往敘利亞。

經過這兩個小時的苦戰，馬穆魯克兵嚇得魂飛魄散，他們稱拿破崙為〃炮火之王〃、〃上帝之鞭〃，從此，拿破崙的威名傳遍東方。法軍士兵也在這一仗中使遠征埃及所經歷的千辛萬苦得到了補償。他們從殺死的和溺死的馬穆魯克兵身上搜到了許多值錢的東西，一些士兵往往因一具屍體而大發橫財。

通往開羅的障礙被掃除了，法軍很快進駐了這個城市。嚇呆了的居民在沉默中迎接了征服者。拿破崙向開羅人士發出了下述公告：“昨天，馬穆魯克兵非死即傷，我正派兵追逐逃脫了的散兵遊勇。把你們河岸的船隻放過來，並派代表團來通知我你們歸降，以麵包、肉類、草料和大麥供應我的部隊。不要驚慌，要安靜如常，我確信再也沒有其他人比我更急於為你們的幸福效勞了。”

極度疲乏的法軍在開羅得到了大量食物，他們終於可以好好休息一下了。可拿破崙並沒有閒下來，他以充沛的精力立即投入埃及的組織管理工作。他發出多道命令，號召法軍嚴格遵守軍紀，尊重伊斯蘭教的信仰和當地的風俗習慣，不得騷擾清真寺和當地婦女。拿破崙親自參加清真寺的禮拜活動，他甚至向阿訇們表示，自己也信仰伊斯蘭教，並請他們給自己講解《古蘭經》。經過多方考察，拿破崙決定在埃及各省成立行政、警務、徵稅等機構。7月27日，他以國家研究院院士及總司令的名義發出了下列命令：“第一條，埃及各個省都應成立一個由7名成員組成的政府，負責照管本省的利益，告訴我民間所有的疾苦，防止村落之間的械鬥，使用法國總督提供的武裝力量監督和懲治罪犯，並在任何必要的時候向人民釋出指示。

“第二條，各省都有！名始終受法國總督調遣的警務官。他統領60名武裝的當地人，必要時得調往各地維持秩序，導致忠順與安寧。

“第三條，各省應有1名責任監察官，監查租稅和國家歲入的徵收事宜，這種租稅和歲入過去是屬於馬穆魯克的，現在則是屬於共和國的；在監察官之下應有一些必要的經理人員。

“第四條，每一個監查官應有一名法國人充任總管，他應向中央財政部門報告，並堅決執行他可能得到的一切命令。”

正當拿破崙致力於重建埃及的政治制度時，突然傳來了法國艦隊在海上覆滅的訊息，拿破崙震驚了。

原來，納爾遜發現自己判斷錯誤以後，立即調轉船頭尾隨法國艦隊而來。8月1日，納爾遜艦隊的瞭望塔終於發現了停泊在阿布基爾灣的布律埃斯艦隊。當時，法國艦隊在這開闊浩瀚的阿布基爾水域沒有充分的防衛設施。8月