這時唐繼堯的滇軍在四川和廣東都有，在四川正和川軍作戰，而四川戰場上的滇軍兵力不夠，駐川的滇軍軍長顧品珍對唐也不夠忠實，唐懷疑顧品珍和李根源之間有勾結，因此聯想到滇軍一出滇後，就難為控制，不如把駐粵滇軍調回雲南。

今年2月3日桂系下手了，廣東督軍莫榮新命令李根源把滇軍第三師師長鄭開文和靖國

聯軍第六軍參謀長楊晉對調。這個調動的目的，是要把滇系直接委派的師長調離軍隊，而派一個和唐繼堯沒有關係的人物來接收兵權。這顯然是桂系想吞吃滇軍的第一步。

莫榮新調換滇軍師長，事先並沒有徵求唐繼堯的同意，使唐大為光火，即於2月8日、

10日連下兩道命令：解除李根源的靖國聯軍第六軍軍長一職，改派李為雲南參加軍政府建設會議的代表。同時宣告，駐粵滇軍由雲南督軍直接指揮，並就近秉承李參謀部長烈鈞辦理。這是很妙的事，雲南督軍支援一位江西姓李的，對抗廣東督軍支援一位雲南姓李的。滇桂兩系因為駐粵滇軍的統率權而分家。

在北江的滇軍。本來駐有兩師，就是第三師和第四師。由於第四師方聲濤部調往西江，改編為“援閩軍”，所以在北江的滇軍另成立一個新的第四師，由雲南人朱培德為師長，保持第四師原有的編制和番號。滇軍將領因為歷史關係，多願意服從江西籍的李烈鈞，而反對雲南籍的李根源。

當2月11日，楊晉接任第三師師長時，滇軍將領秘密協議，為了反對桂系吞吃滇軍，所以密謀扣留李根源，公開反對桂系。只因朱培德是李根源的學生，所以故意鬆了一手，讓這位老師未被扣留而脫險逃回廣州。

2月13日，滇軍師長朱培德、旅長楊益謙、魯子材等通電反對莫榮新更調第三師長的命令。同時第三師原來的師長鄭開文及所屬旅長盛榮超、魯子材，第四師師長朱培德及所屬旅長張懷信、楊益謙等聯名通電，表示“願意遵照唐督軍命令辦理。”

李根源回廣州前，通電辭去靖國聯軍第六軍軍長，督辦粵贛湘邊防軍務等職務。滇軍抗拒桂繫命令後，使到廣州的軍政府內部極為震動，因為滇軍不僅作戰力強，同時也象徵雲南支援軍政府，如今公開反目，對軍政府來說，是很嚴重的事。尤其是桂系認為這個釘子碰得太大了，嚴重地影響了他們在廣東的統治地位。

2月14日，莫榮新下令慰留李根源，同時以新任第三師師長楊晉和第五旅旅長盛榮超，第七旅旅長張懷信，第廿旅旅長楊益謙的聯名通電反對李根源解除職務，事實上這個電報是桂系強拉滇軍將領列名以壯聲勢的，例如楊益謙就不是支援李根源的。

莫榮新認為支援李根源就是加強桂系的地位，現在李根源竟被滇軍迫走，非用實際力量支援他不可，所以便調兵遣將。從2月14日到16日，桂系的軍隊源源北上，準備對滇軍採取強力威脅姿態。

16日莫榮新發出通電：“所有滇軍駐粵北江的兩師部隊，仍應由李督辦根源節制指揮。”同時正式表示：“駐粵滇軍軍餉軍械都是廣東供給的，因此這支軍隊一向由本督軍管轄節制，今後亦仍照舊。”

21日李根源通電覆職。23日莫榮新竟以廣東督軍兼軍政府陸軍部長的雙重身份，下

令撤銷駐粵滇軍第三第四兩師番號，改編為邊防陸軍三個旅及三個獨立團。這個做法簡

直是和雲南翻臉。

2月24日一肚子冤氣的李烈鈞，在軍政府內找到了岑春煊，李質問岑：“桂系要吞吃駐粵滇軍，軍政府為什麼要同意？莫榮新的命令明明無理，為什麼要由軍政府同意釋出？”岑春煊支支吾吾以對，李烈鈞為之十分不滿，乃託詞巡視北江防務，離開了廣州，準備在北江集合滇軍反抗改編。

同一天，李根源在桂系