準備發動第二次全省罷市之前，各地商團代表在佛山商團團長陳恭受的召集下，在佛山召開秘密會議，議決發動省城及各屬商人罷市，以作‘消極的抗拒‘。8月22日，佛山開始罷市，25日，廣州及附近縣鎮全面罷市。

這次罷市不同以往個別行業的罷市，此前所帶來的只是區域性的影響。而各地商人聯合罷市，其影響是廣泛的。僅經濟方面而言，商人停止向政府納稅，無疑立即切斷政府的財政收入。

當時，廣東政府在財政上毫無庫存，每日鉅額的開支仰仗於實時的稅收。如果稅收中斷，無疑馬上動搖大元帥府的統治，這正是最令人擔心的。在大罷市發生前，廣州市公安局長吳鐵城已經宣稱，不怕與商團開仗，只怕商人罷市。因為一旦發生罷市，就會稅收斷絕、金融停滯、軍心搖動，東江陳炯明軍會乘機反攻。

大罷市發生後，擷取廣州、佛山一帶大部分稅收的滇軍大為緊張。其將領反對孫中山以武力強迫商人開市的主張，稱‘滇軍餉源，全在省城，若令省中商場受軍隊踐踏，即不啻自斷其餉源‘。

罷市次日，滇軍將領範石生、廖行超立即界入調停。29日，在範、廖的主持下，與商團訂立含有陳廉伯悔過、宣誓效忠政府、當局7天內發還槍械、商團向政府報效50萬元﹔商團改組後歸省長節制、商店復業後軍隊回防及商團聯防改組等6頂內容的協議。同日，孫對這一調解協議基本表示認可。協議簽定後，商人陸續復市。

幾天後，江浙戰爭爆發，盧永祥揭開了反直戰爭的序幕。孫認為這是他實踐反直三角聯盟、在北京實行‘中央**‘、推翻北洋軍閥的極好機會，於是決定立即出師北伐。9月4日，孫中山召開會議作出決定，湘、贛、豫軍全部參加北伐，滇、桂、粵軍抽調一部隨行。

但是，對於如此大規模的軍事行動，大元帥府並沒有強有力的財政支援，更妄論政府自身正處於極度財政困難中。而佔據富庶之地、截收財源的滇、桂軍等，根本無意離開他們賴以斂財的地方開赴前線。儘管困難重重，孫中山還是義無反顧，堅持出師北伐。20日，孫在廣州主持北伐誓師典禮後出發韶關，大本營遷往韶關，廣州設留守府，胡漢民任留守大元帥。

按照8月29日簽訂的6項協議，政府應在7天內發還所扣槍械。時限過後，承諾並無兌現。於是，商團又開始鼓譟罷市。實際上，商團的槍械未能如時發還，與當時正在緊鑼密鼓、而又缺餉缺械的北伐有關。

9月12日，胡漢民在給範石生的函中稱，‘政府北伐，固我粵人所當盡力者，則商人如何設法，為政府籌措二三百萬之入款‘，‘令我北伐軍費有著，師行無滯‘。六天之後，在大元帥府召開的北伐軍事會議上，各軍總司令提出為了籌集北伐經費，要求政府在與商團訂立的還械6條件中，額外附加要商團代籌北伐經費300萬元的內容。

事實上，本來就不願開赴北伐前線的滇桂等軍將領，現在藉口餉械缺乏，更有了拒絕執行命令的‘充足‘理由。

此後10余天，商團仍然為還械協議中增加索款一項與政府爭持不下，直到雙方矛盾再次激化。10月4日，廣東商團以尚未領回被扣槍械為由，聯絡廣州及100餘個縣鎮在佛山開會，決定發動笫二次罷市，並再次前往廣州向政府表示抗議。

9日，孫令發還部分槍械給商團，但商團以所發還的非原槍械且堅持全數發還為由，於同日發動全省罷市。商團指責政府早已將他們所購槍械分給各軍，雖然只是商團單方面的指責，但在當時北伐緊急、餉械皆缺的情況下，商團從國外購進的效能較先進的武器被挪作北伐亦不足為奇。孫去了韶關後，在給姜瑞元的函件中，也曾提到要他設法將扣留商團的子彈運往韶關。

孫仍諭大本營秘書處致函商團，曉諭政府發