佔羅馬和那不勒斯，掩護法軍的右翼，從南面封鎖曼圖亞；另一部分由克勒曼將軍指揮，其任務是在波河左岸活動，阻止奧地利重新佔領倫巴第，包圍並攻佔曼圖亞。拿破崙對這個肢解義大利軍團和分散指揮權的命令怒不可遏，他十分清楚這完全是一種蓄意修剪鷹翅的政治伎倆。他以堅決果斷的態度回覆督政府：要麼收回成命，要麼批准他辭職。他在給督政府的信中寫道：“假如你們在我的道路上設定障礙，假如你們讓我的一切行動聽從政府特派員的決定，……那麼你們別再指望從我那裡有好的成果。……你們必須對自己的指揮官有絕對的信任。如果我得不到這樣的信任，我並不抱怨，但我要盡力爭取你們委任我其他的職位。打仗的事，各人有各人的打法。克勒曼將軍比我有經驗，當然能比我做得更好，但是我們兩人共事，則一定壞事。我只有在你們賦予我完全和絕對的信任之下，才能為國家作出貢獻。我清楚知道我寫這封信是需要鼓足勇氣的，因為這很容易令人懷疑我野心太大，驕傲太甚！但是，我有責任向你們陳述自己的思想，……我不能同一個自視為歐洲最優秀指揮員的人共事。何況，一個蹩腳的將軍強過兩個優秀的將軍。打仗如同治理國家一樣，是一件機智的事。”

迫於拿破崙的堅決態度，督政府最終不敢堅持撤換這位名字已被視作勝利象徵的主將。

拿破崙仍留任獨當一面的司令。

曼圖亞要塞位於波河和明喬河交匯處，地形險要，工事堅固，可屯數萬之眾，有〃義大利鎖匙〃之稱。曼圖亞是奧軍在義大利的唯一重要基點，勢在必守，以阻扼法軍。而法軍也志在必得，以控制北義大利，並打通前往德奧之路。

5月30日，奧軍明喬河上防線被擊破，博利厄率軍15000人退守曼圖亞城內，等待著奧皇的援軍。拿破崙沒等奧皇援軍到來，便搶先屯兵城下。

奧地利皇帝為了保住他對義大利的控制，下定決心要不惜任何代價，為曼圖亞解圍。鑑於博利厄屢屢出師不利，奧皇派了萊茵戰線上享有盛名的維爾姆澤元帥前來接替他。維爾姆澤是位72歲高齡的老將軍，他在萊茵戰線上抽調了30000名精銳部隊，並在上任途中又從善戰的提羅爾居民徵召了一些新兵，使得義大利戰線上的奧軍達到60000人，法軍在數量上再次處於劣勢。奧地利方面非常得意，曾誇下海口說：8月底以前奧軍將重佔米蘭，義大利將是法軍的墳墓。

維爾姆澤兵分三路前往曼圖亞，企圖迅速圍殲包圍曼圖亞的法軍。維爾姆澤派副手科斯達諾維奇率領一支部隊去佔領加爾達湖西岸，從側面進攻法軍；自己則指揮主力沿阿迪傑河兩岸向曼圖亞進軍；他又派達維多維奇率部隊進攻萊尼亞戈，以牽制法軍。然而，維爾姆澤犯了一個大錯，他的三個縱隊互不相聯，彼此無從馳援，尤其是科斯達諾維奇分隊與其他兩路縱隊中間還橫亙著寬闊的加爾達湖面。這一切沒有逃過拿破崙的鷹眼。拿破崙立即決定暫時放棄對曼圖亞要塞的圍攻，集中兵力向得不到其他兩路縱隊支援的科斯達諾維奇分隊進發。7月31日，法軍把大炮埋入戰壕，匆忙撤離曼圖亞。維爾姆澤對拿破崙的計劃變動毫無所知，還以為是法軍因對自己的恐懼而倉皇撤退。維爾姆澤不費吹灰之力進入了曼圖亞。

他向奧皇報捷說，他在陣地上繳獲了法國180門大炮。正當他幻想著全面勝利的時候，傳來了不幸的訊息，拿破崙軍隊擊潰了科斯達諾維奇部隊，科斯達諾維奇率殘部已退向老巢提羅爾。維爾姆澤大吃一驚，知道中了拿破崙的圈套，