軍區，司令部設在贛州，由原來的第二軍組成，司令員羅遠斌，副司令員王信；參謀長劉伯濤。下設三個軍：總兵力七萬二千人。

第二軍：軍長吳禮林，轄第三師、第三旅、第八旅；

第十二軍：軍長劉遠報，轄第四師、騎兵師；

第十六軍：軍長鄭廣明，轄第六師第九旅、特種兵旅江西軍區的實際範圍並不僅僅只是江西一省，南京政府的南部地區，使南京政府在與清軍作戰時，洠в瀉蠊酥�恰６�綣�蕉�吮狽街�螅��骶��步�晌��ツ戲降南韌凡慷印�

湖廣軍區，是由湖北軍區加上駐守湖南的第三軍合併而成，司令員李定國，副司令員楊武丞；參謀長李牟。下設四個軍：總兵力十一萬二千人。

第六軍：軍長李漢軍、轄第九師、第十八師、第十六旅；

第八軍：軍長黃慶文，轄第十師、第十五師、二十二旅；

第十三軍：軍長黃向東，轄騎兵師、十九師，二十八旅；

第十七軍：軍長李元胤，轄特種師、第六旅、第十七旅，在新的軍區編制中，湖廣軍區的兵力最多，這是因為湖廣軍區同時於清廷、吳三桂、永曆朝三方接壤，因此面臨的局面也最複雜，不過經歷了獨守黃州的歷練之後，李定國也顯示出了自己的名將潛質，因此商毅也十分放心的將湖北地區防守任務交給他。

南京軍區也是五個軍區中最小的一個，是由從過去的湖北軍區中，分離出的第七軍為主組成，司令部就設在南京，主要的任務就是保衛南京、杭州兩地。司令員段鵬，副司令員何衝；參謀長張達江。總兵力為五萬人。下設二個軍：

第七軍：軍長田楚，轄特種師、三旅、二十一旅；

第十七軍：軍長張立東，轄二十五師、騎兵旅、三十三旅；

這樣五個軍區總計下來，中華虎賁軍的總兵力為四十五萬左右。而商毅計劃，在擴充二到三個軍，使總兵力超過五十萬，另外再擴充十到十五的後備年，那麼以後對清廷和南方作戰，也就基本足夠了。

而海軍的編制就相對簡單一些，中華伏波軍的司令部設在杭州，另外在山東登州、蘇州南通和臺灣基隆也都設有海軍基地。司令員成鋼、副司令員黃震、以下仍是五個海軍分艦隊，一個西班牙僱傭兵艦隊，和三個長江分艦隊。

目前海軍部共計擁有各種艦船三百零七艘，主力戰艦有一百七十七艘，分別為一級戰列艦一艘，二級戰列艦六艘，三級巡洋艦四十七艘，四級稱為驅逐艦七十八艘，五級護衛艦五十五艘；輔助戰艦一百一十二艘，其中包括有五艘二千料的大型戰艦；另外還有飛剪船十八艘。

海軍部的總兵力為五萬七千人，其中包括基地後勤人員有一萬四千，海軍戰鬥人員有二萬八千、水手、技術人負一萬五千。

不過各艦隊的最高長官將稱為分艦隊司令員。如果海軍有出戰任務，由多個艦隊聯合組成作戰部隊，將臨時任命以聯合艦隊司令官，指揮作戰。

由於跨海突襲作戰取得完美的成功，因此人們的觀念也在逐漸轉變過來，這才完全理解商毅當初堅持要大力發展海軍是多麼有先見之明，對海軍的作用也日益和重祀起來。

以目前海軍部的規模來說，保護現在的中國沿海，以及威助震懾清廷的沿海、周邊的日本、琉球、仍致菲律賓地區也是基本足夠了，但想將南京政府的海上勢力擴充套件到更遠的巴達維亞、澳州、甚致是印度地區，就顯得有些不足了。畢竟中國的海岸線太長了，保護起來也需要龐大的兵力和艦隊。

而且商毅也知道，清廷也己經開始建造戰船，發展海軍，雖然說清廷的海上基礎十分薄弱，不僅缺少相關的技術人員，就是船員、水手也嚴重不足，加上海上觀念更為落後，因此建立一支強大的海軍，決不是二三年