時，等國家穩定下來之後，就把他們都放了，要不然老是關著他們，也沒多大意思，還要花錢養著，太不划算了。

這時己經進入了後明六年、清順治七年（1650年）四冃，在南方戰場前線的各部隊也都休整得差不多了，**部也認為，可以進行第二階段的戰鬥了。

不過這時戰局發生了一些變化，佔據雲南的大西軍餘部，接受了永曆朝廷的招安，正式加入了永曆朝廷，與中華軍為敵。

原來張獻忠在四川戰死之後。大西軍在張獻忠的妻子陳氏、宰相汪兆齡，和他收養的幾個義子孫可望、劉文秀、艾能奇的領導下，收集潰散的大西軍餘部，重整隊伍，率軍出川南撤，從川南首先進入了貴州地區，獲得了難得的喘息時佪。

而這時大西軍的領導層出現了分裂，在貴州的休整期間，孫可望、艾能奇、劉文秀等人也仔細的反思了張獻忠的作為，認為大西軍以後不能像張獻忠那樣，胡亂殺人，動輒屠城，還是當以收隴人心為主。而陳氏和汪兆齡則仍然主張濫殺政策。

結果孫可望、艾能奇、劉文秀三人聯手殺死了陳氏和汪兆齡，這樣就形成了以三人集體領導大西軍的體制。而在這三人中，孫可望的年齡最大，而且原來的地位和威信也比另二人高，因此成了三個中間的主要領導人。但重大事情，還是由三人一起商議決定。

而在整肅內部之後，三人也嚴令各軍：自今非接鬥，不得殺人。也使大西軍出現了氣象一新的狀況，在貴州省期間，大西軍基本能做到秋毫無犯。

不過貴州民貧地瘠，而且又腹背受敵，並不是長駐建基之地，因此三個人也在尋找可以建立基礎的地方。而就在這時，明朝的雲南石屏土司龍在田邀請大西軍進入雲南，幫自己平叛。

在崇禎十二年（1639年）的時候，張獻忠曾受過明朝的招撫，在湖北谷城駐紮了大半年時間。當時龍在田被明廷調往內地，在湖廣、河南平亂，在名議上他是張獻忠的上司。而張獻忠當時出於策略考慮，曾經拜龍在田為義父，並且從他那裡得到了馬匹、軍械，因此當時張獻忠部下的眾將，和龍在田的雲南軍隊來往交從比較近密。

後來龍在田己被調回雲南，正好這時雲南當地的土司沙定州舉兵作亂，龍在田不敵沙定州的叛軍，跑往大理躲避。聽說大西軍餘部佔領了貴州，馬上派人攜密信通知大西軍，請大西軍入滇，幫助自已平定叛亂。

結果大西軍的戰鬥力和中華軍當然沒法比，也不如清軍或吳三桂的川軍，但比起沙定州的叛軍來，還是綽綽有餘，入滇之後，很快就擊敗了沙定州的叛軍，佔領了昆明，並且與明朝的雲南總兵楊畏知、黔國公沐天波達成協議：一，不用大西年號；二，不妄殺人；三，不焚廬舍、yin婦女。雙方合力，只用了不到一年的時間，就迅速的佔領了雲南全境，並擒殺了沙定州。

一統了雲南之後，孫可望自稱平東王，以劉文秀為撫南王，艾能奇為定北王，封官設職，以楊畏知為華英殿學士兼都察院左都御史，沐天波仍為黔國公，大西軍的原將領嚴似祖為吏部兼禮部尚書，王應龍為工部尚書，丁序焜為戶部尚書，任僎為副都御史掌都察院事，馬兆羲為學院，張虎為錦衣衛。但並洠в薪ü�⒑擰�

然後孫可望等人在雲南悉心經營，前後近三年，雲南全境大抵平靜，既沒與清軍發生戰鬥，也沒與南明政權有太多接觸，基本處於一種相對封閉的境地。由於政策措施正確得當，雲南地區的社會安定，生產迅速恢復發展，大西軍對雲南的統治日益穩定，實力已經大大增強。比張獻忠在四川的時