江南七怪知道全真教和黃藥師之間的誤會，為了江湖不起紛爭，幾人前往桃花島去尋黃藥師解釋此事。江南七怪來到桃花島，但因為黃藥師不想見幾人，他們只能被困在桃花島大陣中無法找到黃藥師。段皇爺照著九陰真經的功法修煉，或許用一個月就能有五年之功，他將功法交給郭靖，讓郭靖轉交洪七公修煉，或許能讓洪七公打通奇經八脈恢復武功。郭靖和黃蓉辭別段皇爺前去尋師父洪七公，

洪七公讓郭靖和黃蓉回桃花島問清事情真相，柯鎮惡這裡有他和周伯通看顧，郭靖臨別之前將段皇爺翻譯的九陰真經交給洪七公，讓洪七公修煉此功來修復奇經八脈恢復功夫。

郭靖和黃蓉來到桃花島，在黃蓉母親的墓地發現了江南五怪其他師父們的遺體，黃蓉遍尋島上沒有發現爹爹黃藥師的蹤跡，郭靖懷疑是黃藥師用九陰白骨爪殺了他的師父們，黃蓉認為黃藥師如今生死未知，郭靖憑什麼遷罪於自己爹爹。黃蓉希望郭靖能冷靜一些，待找到黃藥師之後再下定論。情緒崩潰的郭靖想要親手將師父們埋葬，恰在此時他聽到是四師父的聲音，瘋癲的四師父臨終前恢復神志，本想告訴郭靖誰是害死他們的兇手，但最終未能給出完整資訊，郭靖卻認定殺人兇手就是黃藥師。郭靖雖然知道黃蓉無辜，但是如今她是自己的仇人之女，郭靖無法再和黃蓉在一起。

黃蓉拿出島上的醉生夢死酒，讓郭靖喝過酒後忘記自己，去尋她爹爹報仇，甚至回草原做金刀駙馬。郭靖表示如果有一天自己死於黃藥師之手，也希望黃蓉不要難過。郭靖埋葬好師父們，與黃蓉斷情打算就此離開桃花島。郭靖離島時碰上全真教等人，全真教等人得知江南五怪慘死桃花島，也準備去尋黃藥師報仇。

全真教廣發英雄帖約黃藥師一戰，黃藥師得信後來赴約，但是全真七子壓根不是黃藥師的對手，柯鎮惡也來為兄弟們報仇，洪七公攔住郭靖，表示黃藥師不是濫殺無辜之人，如今能不殺柯鎮惡和全真教之人，說明他並非是殺害江南五怪得兇手，如今郭靖氣怒之下不願相信，始終將黃藥師視為仇敵。郭靖補上天罡北斗陣，聯手全真七子向黃藥師報仇，黃藥師不懼幾人，馬鈺質問黃藥師可曾殺害譚師弟和周伯通師叔，黃藥師不屑解釋，郭靖卻出面告訴眾人譚道長死於歐陽鋒之手，而周伯通也沒有死。如今全真教與黃藥師的仇也算了了，郭靖打算單獨和黃藥師算師父們的仇，黃藥師並不承認殺了江南五怪，黃蓉來此為爹爹解釋，她知道黃藥師不會殺了江南五怪。洪七公出面勸說眾人暫時休戰，莫要讓外人看中原武林的笑話。

洪七公不相信黃藥師殺了江南五怪，勸說郭靖將此事查清楚，而黃藥師也到此時才得知有人趁他不在桃花島將江南五怪盡數殺了誣陷自己。完顏洪烈、歐陽鋒帶著楊康等人來到醉仙樓，丘處機要殺了楊康這個認賊作父之人，全真七子和歐陽鋒相對，郭靖在黃蓉的有意激將之下，也下場同全真七子一同作戰。楊康和王府四大高手聯手對付柯鎮惡，眼見柯鎮惡受傷，黃蓉現身救下柯鎮惡。

郭靖與歐陽鋒對陣中途周伯通也趕來相助，周伯通看到歐陽鋒欺負全真教師侄和郭靖，卻不想歐陽鋒壓根不願和他對陣，直接退場離開。隨後完顏洪烈命令金兵圍攻眾人，大家只好暫時躲進醉仙樓。楊康逼迫郭靖交出武穆遺書，郭靖不願連累大家，準備自己出去周旋，讓馬鈺道長帶著武穆遺書和大家離開此處。黃蓉不捨郭靖出去送死，全真教也願意留下相助，黃藥師索性提議和洪七公一同出去對陣，不想柯鎮惡提出新的辦法能救大家出去。