公車改革試點地區出臺車補標準後，出現了一些反映比較強烈的問題。一是車補發放數額差別過大。澄邁縣車補最低與最高標準相差倍；山東省威海市的車補相差12倍。這種落差造成工勤人員心理不平衡。海南省委黨校副校長廖遜認為，車補按行政級別發放，凸顯了官本位意識，不一定有利於政府職能轉變，但要人人均等，也許誰都買不起車，也不能提高政府行政效能。車補是按工作需求量發放還是按職務大小給付，成為車改“貨幣化”過程中爭議最多的問題。二是車補遠高於工資。2005年海南省澄邁縣公務員的月工資水平，正科級1500元左右，正處級1700左右，而車補每月分別高達2200元和3200元，遠高於工資。這種怪現象，在全國許多試點地區普遍存在。另一方面，部分公務員又反映車補不夠用。一些地區的巡警、交警、治安等方面幹警，以及出差較多的農業、林業部門工作人員，均反映了車補不足問題。車補標準用什麼衡量，沒有一個讓人心服的槓槓。三是車補按月發放等於變相加薪。有一種聲音認為，沒有公務活動，就不該發放車補。學者則說，按月發放車補可能使官員規避因公外出。“因公外出要自掏腰包，怎比在辦公室閒著，到月底還有豐厚‘回報’划算？”這就可能帶來逆向激勵，使勤政的幹部得到的實際車貼“實惠”少，懶惰的幹部得到“實惠”多，最終違背改革的初衷。

一些人士對車改的公平性提出懷疑，進而蔓延成對車改“成績”的詰問。據瞭解，公車改革試點地區要實現的“成績”之一，是減少財政開支。為此，一些地方在設計車改方案時，先將財政開支縮減1/3，再根據剩下“蛋糕”的大小，制定車補標準，重新切分。從成績看，各地財政開支的確比車改前節省了30％以上。但一些人士認為，這看似“成績”的蛋糕縮小，其實掩蓋了一些不合理內容：一是原有車輛已經超編。按照中央的精神，鄉鎮一級公務用車是有嚴格規定的，但改革前，很多地方其實已經遠遠超編，在一些省市，一個鄉鎮有十多輛車是普遍現象，在超標的基礎上談車改節約多少，沒有意義。二是原有車輛已經超標。按國家有關規定，除了正部長級可配專用公用車，其他職務不能專配公用車，只是派用公用車。可是，一些試點地區科長、股長級都配有專車，超標現象嚴重。在超標基礎上估價發放車補，就等於承認了原先的違規待遇和對公車的不當佔有。三是原有人員超編。如果超編人員不清除，而是在此基礎上換算蛋糕大小，就使得超編人員成為車改獲益者，所謂提高政府行政效能打了折扣。四是“蛋糕”壓縮幅度沒有到位。車改前，公車2/3時間被領導幹部和司機私用，費用算在財政帳上，車改就應縮減2/3的財政開支。但是，許多試點地區的車改僅縮減1/3，剩下的蛋糕仍較大，切分餘地也大，官員分享的車補多，車補標準也就高。這就相當於把原來“公車私用”時浪費的部分費用，車改後“合理”地轉付給了個人。

燕趙都市報也發表署名為李曙明的題為“四問北京公車改革”的文章，對公車改革中存在的問題進行商榷。文章說，公車改革要達到什麼目的呢？回答這個問題，先要看現行公車制度存在哪些弊端。以筆者之見，最大弊端有二：一是太多公車的存在，太多公車成為私家車的現實，讓一些地方財政不堪重負；二是公車不是從方便工作的角度配置，而是成為一種待遇，有車的“屁股底下一座樓”，沒車的即使出於工作需要也只能乾瞪眼，這不僅不公平，也令公車背離了“公”的屬性，失去存在的合理根據。所以，公車改革絕不是為了改革而改革；能否透過改革節約納稅人的錢，實現更好地為百姓服務的目的，是衡量改革是否成功的標準。　用上面的標準檢討北京市公務車改革試點，一些問題至少是值得商榷的：　第一，車補發多少合適？處級幹部車補可達