一方是訓練有素的12萬多正規軍，一方是實際能戰鬥者只有1萬多人的老弱之兵。幕府軍以眾打寡，顯然勝負是明擺著的。是為“島原之亂”。

然而，教徒軍的城池就是久攻不下。原來幕府派來的板倉重昌在元旦之戰中戰死，那一戰幕府軍死傷4000餘人，起義軍死傷還不到100人。這回幕府派來的松平信綱又來繼續圍城。

農民們沒有活路了便揭竿而起，這就打亂了幕藩政治的封建秩序，在他們看來就是“犯上作亂”。那麼，“島原之亂”是如何發生的呢？這要從基督教傳到日本說起。　天主教初到日本是在1549年，登陸地點是鹿兒島。天主教、基督教在九州已有近90年的歷史，可謂根深蒂固。之所以鹿兒島一帶教會大行其道，主要原因有，如地處偏遠，中央不易控制；此地土地貧瘠，收穫不豐，而領主租稅繁重；加之，領主幕府鎮壓手段過於殘酷等等。

當年豐臣秀吉平定九州時，曾看中一個有馬領內的美女，便要將其帶回大阪，而此女是個虔誠的教徒，力陳豐臣秀吉做法有違一夫一妻教義，堅辭不就。當然，豐臣秀吉已有寧寧和300多個美女，但當時的世道是強者可以為所欲為，一個普通女人居然敢不服從“關白”的命令，惱怒的豐臣秀吉釋出禁教令據說與此有關。再則，當時禁教之所以不徹底，一方面是豐臣秀吉忙於南征北戰，另一方面則是牧師們暗中得到了島原半島領主有馬晴信的庇護。後來德川家康在關原之戰打敗豐臣秀吉後代勢力後，將有馬晴信處了死刑。不過，因為有馬晴信之子有馬直純從小在德川家康身邊長大，又娶了德川家康曾孫女為妻，所以德川家康叫有馬直純繼承了其父的4萬石俸祿去當島原領主。受寵若驚、感激涕零的有馬直純，雖然也是個教徒，但為報答德川家康厚愛，毅然退教，發誓要將天主、基督斬草除根。島原教徒從這時起便開始了劫難。有馬直純大開殺戒，將不願棄教者活活燒死，並叫其他教徒現場觀看。可結果不怕死的教徒反而更增加了勇氣。幕府看有馬直純治不了教徒，便把他調到日向（宮崎縣），但他的很多部下不願離開故鄉，寧可落魄為浪人、百姓，這部分人後來反倒成了義軍的力量。

接替有馬直純來島原當領主的是豐後守松倉重政，此人是個築城名人，到此地當然不滿意日野江城，於是大興土木要錢要工。這樣，島原人民受的是雙重苦難——信教不準，還要無休止地出錢出工。不願棄教者不僅遭到湯澆、火燒、投入大海，而且，還被丟進雲仙溫泉硫磺火山口活活燻死。不僅如此，租稅也極其苛刻，種一棵菸草，收穫菸葉的一半要上繳；種的茄子要預計結幾個果，有時收成不好，收穫的東西要全部上繳。

正當人們已經沒有任何生機的時候，一個傳說在島原、天草不脛而走。原來1614年左右，一個神父在被迫離開日本時曾預言：“25年後當出現一位天童，是上帝再世，精通教義，諳魔法，他一定會拯救你們。”後來出現了一個人，他就是天草島小西家武士益田好次的兒子四郎時貞，年方16歲。苦難中的人們成千上萬地聚集在他的周圍，形成了一股強大的力量。

戰後，島原、天草幾乎成了無人區，幕府只好叫很多贊岐（香川縣）的農民遷到這裡。　幕府認為“島原之亂”是教徒造反，決定徹底禁教。第二年的1639年，禁止葡萄牙船來航；2年後，又將荷蘭商館遷至長崎，禁止外國船員和日本人來往，從而，開始了長達260年的鎖國政策。此期間，除荷蘭、中國、朝鮮船外，和世界其他各國完全斷絕了往來。

農民，利用信仰的力量有組織、大規模地反抗幕府封建政權，而且是在一個16歲少年的統帥下，這可謂農民起義史上的奇蹟。

新教國家英、荷與先期航來的舊天主教國家西、葡之間矛盾重重，前者因此在家康面前大