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本教大體上可分兩種:
原始本教
原始本教
“本教”並非和辛饒彌沃的教理同時產生,大概在石器時代,辛饒出生之前,中亞地區就已經盛行著各種各樣的原始信仰,那就是被統稱為原始本教的多神崇拜,這個時期被藏地學者稱為“多本時期”或“篤本時期”。有:“龍本”、“贊本”、“祭本”、“占卜本”、“招財本”、“魔本”、“沐浴本”等三十多種原始本教,原始本教的巫師們為民眾禳解災禍,祛除病邪,擁有眾多的信徒。這證明“本教”一詞其含義涵蓋範圍非常廣,原始本教和流傳於中亞、東北亞、美洲印第安部落的“薩滿教”以及雲南地區納西族所信奉的“東巴教”有著千絲萬縷的聯絡(東巴教應該屬於一種原始本教,但東巴教以辛饒彌沃為祖師,可能其後期受到了雍仲本教的“因四乘”教法的影響)。
雍仲本教
雍仲本教辛饒彌沃在改革原始本教的基礎上融入了自己的教法並建立了新的宗教,使本教得以統一。這個新的宗教叫做“雍仲本教”而有別於原始本教,一般學術上把辛繞彌沃創立的雍仲本教也稱作本教,雍仲本教的教法又分兩種:
古本:源自於辛饒彌沃古老的傳承,它嚴格保持著純正的雍仲傳統,有其獨特的大圓滿傳承體系。歐美某些學者認為:古本是一種罕為人知的中亞古老佛教的存在形式。當然,這種說法不被藏地一些擁有正統思想的學者認同。
新本:是雍仲本教後期和印度佛教(主要是和寧瑪派)互相影響和交融而形成的新派傳統,新本的塑像風格和修行方法融入了一些印度佛教的元素。
某些藏地學者將新本稱為“白本”或“覺本”,將古本稱為“黑本”或“恰本”,其實這是在**特殊政治和宗教背景中形成的一種歧視的稱呼。現存本教主要的家族傳承或寺系傳承如:辛、祝、敘、美烏、芭、瓊等,有的雖然也融合了一些新本教法,但他們著重傳承的還是純淨的古本教法。當然,也有一些本教寺院是把新本和古本混在一起修持的。
辛饒彌沃創立的雍仲本教與原始的本教的區別還在於:當辛饒彌沃從象雄來蕃地傳教時,他已經有系統的理論和相應的教規,而這時原始本教還不是一個成熟的宗教。辛饒彌沃並沒有直接廢除原始本教,而是善巧地吸收原始本教並對其進行大量改革。比如原始本教中包括藏醫、天文、歷算、地理