偵察連進城，觀察城中動景，是否如事所說，並且佔領武林門的城樓和城門。

段鵬領軍進城之後不一會兒，就派人回報，以經完全控制了武林門，城中確實一片混亂的樣子，而且也洠в腥俗櫓�摯埂�

其實商毅在城外也看得十分清楚，有一部份商家軍以經蹬上了城樓，還有一部份就守在城下，確實完全控制了武林門。於是商毅立刻下令，全軍進城。

大隊人馬進城之後，商毅蹬上了城樓，向城中看去，城裡確實是一片混亂，滿街都是跑的居民，地上還躺倒了不少屍體。因此啇毅立刻下令，留下第二團的火炮營守住武林門，自己和周少桓帶一個火槍營、二個偵察連和兩個新兵營去佔領州府衙門，剩餘的一個火槍兵營和一個長槍兵營都分散成以連為單位，立刻在城中去制止叛軍的暴行，將他們全部都抓到州衙來，敢反抗者一率格殺匆論。

商毅領軍趕到了杭州的府衙門，這裡早己以人去樓空，商家軍毫不費力就開啟了府衙的大門，佔領了府衙。隨後商毅又分派三個新兵營，分頭去攻佔杭州城的各個城門，不許進出。

杭州曾經是宋朝南渡之後的都城，在南宋時期，共有十三座旱門，五座水門。而南宋滅亡之後，元、明以來，杭州城已固定為十個城門。分別為東有慶春門、清泰門、望江門，南有候潮門、鳳山門，西為錢塘門、清波門、湧金門，北為武林門、艮山門。都要分派兵力把守。每個城門分派一個連把守，剩下的三個連則留在府衙，準備看守俘虜。

這時叛軍正在城中肆意施暴，但很快就發現，街頭巷尾，出現了一隊隊衣甲鮮明整齊的軍隊，有人首先喊，命令他們放下兵器，立刻束手就擒。

叛兵當然不甘心就這麼縛綁，但對方也不多和他們廢話，喊了兩遍不見他們有所行動，就立刻舉槍射擊。槍聲響過之後，叛軍們頓時紛紛倒地斃命，而其他的叛兵見勢不妙，馬上四處逃竄。當然也有一些橫的叛軍不服，還想衝上來動手，結果還沒等他們衝到近前，就被彈丸擊中倒地，就算有一部份人僥倖衝到商家軍的近前，但等待著他們的，是雪亮的刺刀。

雖然商家軍中還有一部是長槍兵，但商家軍的長槍兵，也不是現在叛兵這樣的烏合之眾所能抵抗的，雙方動手的結果，無一例外的都是叛軍倒地身亡。

知道了商家軍的厲害之後，叛兵也不敢反抗，有小部份趁亂逃跑；躲藏了起來，絕大部份都扔掉了武器，舉手投降，被押到府衙前的大廣場看押。

到了響午過後，在商家軍雷厲風行的打擊之下，杭州城裡的**以經基本平定了下來，隨後在商家軍的組織指揮下，又去撲滅了城中的火勢，好在叛軍並不是誠心要放火燒城，因此火勢並不大，到接近黃昏的時候，終亍都滅了。雖然還是有不少房屋被燒燬，而且死傷了不少居民，但就整個城市來說，損失並不算大，比起被張獻忠焚為一爐的武昌來說，根本就不算什麼。

而商毅終於也鬆了一口氣，這杭州總算是拿下來了。立刻又命令城外計程車兵押著俘虜開拔進城，同時又清理城中的屍體殘籍。

在城中被商家軍打死的叛兵有一千五百多人，而衼抓到府衙前看押的叛兵，卻有近兩千餘人。城中百姓死傷了近四千餘人，民房被燒毀了六十餘間，另有二百多間店輔被砸被搶，五千多名百姓受傷。因此在這天夜裡，整個杭州城裡到處都可以聽到哭聲，情景也頗為悽慘。

商毅心理雖然也有些悽悽，但這種事情現在也見得多了，心腸也硬了許多，同時雖然佔領了杭州，還有許多善後的事情需要處理。正好這時杭州的中下層官吏知道朝廷的大軍收復了杭州，也紛紛到府衙來拜見商毅，並且帶來了杭州的戶籍、府庫、魚鱗冊等。其中有推官蘭秉浩、經歷楊堪、知事萬紹華、照磨季峻、書辦田斌文、主薄肖方忠等，以