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但被何滕蛟寄於厚望督標親軍根本就是一群烏合之眾，等清軍殺到之後，一下孑就被打得大敗，結吳滿大壯陣亡，龍見明被清軍活捉，吳承宗、姚友興等聞風喪膽，棄地南逃，新牆也被清軍佔領。

何騰蛟和章曠聞迅之後，也都大為震驚，為了挽回敗局，兩人又聚了五萬大軍，準備復奪嶽州，由章曠督兵由湘陰進軍，王進才和王允成部帶領的水師由湘水進軍，兩路大軍浩浩蕩蕩水陸並進，企圖一舉攻下嶽州，進而收取湖北。並且還移文堵胤錫，讓他從常徳出兵接應。堵胤錫接報之後，也命忠貞營馬進忠出兵，北入長江順流，進攻嘉魚，配合何騰蛟作戰。

清軍的嶽州守將馬蛟麟見南明軍勢大，一面守城，一面向武昌請援。耿仲明也立刻派兒子耿繼茂率部將石明雄、宋國輔、潘孝等人來救援嶽州。

那知清軍的援軍還沒有到達嶽州，馬蛟麟帶著副將李顯功率六百名騎兵出擊，在萬由橋迎戰明軍的先鋒黃朝宣、劉承胤部的一萬人馬。結果一戰下來，明軍又被殺得大敗，而這時清軍的援軍也趕到戰場，趁勢追殺五十餘里，接著又擊敗王允成部的水師。章曠一直敗回了湘陰。

幸好這時，受堵胤錫節制的馬進忠部率軍由長江東下，直至嘉魚縣六磯口，使清軍回軍相救，這才使章曠得以守住了湘陰。但章曠敗陣，使馬進忠也不敢在嘉魚縣久留，只好也回兵崇德。而這一戰又遭失利，使章曠、何騰蛟更是愧恨交加。

而這時耿仲明又親自率大軍，乘著大勝明軍之勢，出動大兵直取長沙。清軍進迫，明軍根本就不堪一擊，紛紛如鳥獸散。章曠率軍放棄湘陰逃往長沙，同督師何騰蛟商量對策。但何滕蛟這時也是策手無策，只能向駐守常德的堵胤錫救援。

堵胤錫收到了何滕蠐的求救之後，立刻派造馬進忠、王允才部趕來救援長沙。但馬、王二部還在途中時，清軍就已經直趨長沙城下。何騰蛟、章曠眼看援兵未到；也不敢於清軍交戰，只好乘船南撤，棄城而逃，結果清軍兵不血刃；就佔領長沙。

隨後清軍又乘勢兩路進軍，一路進攻常德府；一路逅擊何滕蛟。

因為這時長沙己失守，堵胤錫在常徳府也是孤掌難鳴，因此也守不住常徳，和忠貞營一起，敗退到菱東地區，暫時駐守；等待時機。而何滕蛟卻是兵敗如山，連續放棄衡州、寶慶、辰州等地，一直敗退到永州。章曠在敗退途中染病，死於永州，偏沅巡撫傅上瑞、部將董英、黃朝宣等人都向清軍投降。

到這個時候；湖南之地僅僅只剩一個永州；其他的地方基本都被清軍佔領了。

而耿仲明正要乘勝進軍，奪取衡州，與尚可喜在湖南南部會師的時候，洪承疇的命令傳來，令耿仲明把湖南交由韓岱管理，率領本部人馬，立刻返回武昌，準備參加清軍第四次征剿湖北商家軍的戰鬥。

三次進攻湖北都慘惜失敗，相反還使湖北地區的商家軍實力越來越強，地盤越來越大，由其是第三次進剿失利之後，整個黃州府都差不多被商家軍佔領了。儘管在這個時候，清軍在湖南、江西、福建的戰場上都連連得手，但洪承疇依然是憂心忡忡，畢竟現在清廷最大的敵人還是商家軍，而不是其他的南明勢力。這也讓洪承疇覺得，如果再不盡快剿滅湖北的商家軍，以後恐怕就越來越難了。

現在湖南、江西、福建都己經平定了下來，而且鰲拜部也己經到達南京，洪承疇還從江西帶回來五萬人馬，兵力是足夠了，因此洪承疇也覺定，立刻再對湖北的商家軍發動新一輪的進攻。回到南京，把鄭芝龍送走而這一次把耿仲明也調回來進攻湖北，主要是不想讓他和尚可喜順利在湖南南部會師，因為當初分派吳三桂