脅制朝鮮，雖與商議撤兵，久未就緒，和議恐不足恃，亟應速籌戰備，以杜狡謀。前經疊諭李鴻章先事預籌，毋致落人後著。現在事機緊迫，著李鴻章速為籌備，先派一軍由陸路前往邊境駐紮，以待進發”。“沿海各口，如旅順、大連灣、威海衛等處，皆關重要，如何佈置，均應逐一妥籌。其軍火、器械、糧餉一切，均應日辦齊，先期給發，方不致倉促誤事”。

始終支援光緒帝抗戰的珍妃

7月20日，日本應派重兵雲集朝鮮，戰爭一觸即發。23日光緒諭令李鴻章“倘倭兵逼近，已露交仗之跡，則釁開自彼，立即整軍奮擊，不可坐失機宜”。為加強臺澎防務，24日光緒命宿將劉永福赴臺灣組織戰守。25日，豐島之戰爆發。光緒下令“詔免出使日本大臣汪鳳藻回國”。並專諭李鴻章“現與日本業已開仗，必須厚集兵力，廣籌後應”。

8月1日，光緒下詔對日宣戰，指出：“日本不遵條約，不守國法，任意　張，專行詭計，釁開自彼，公論昭然”。“著李鴻章嚴飭派出各軍，迅速進剿”。21日命四川提督宋慶幫辦北洋軍務，29日以恭親王奕欣管總署、海軍署事，並會同措理軍務。10月13日以葉志超、衛汝貴臨敵潰散，光緒將其罷職，以聶士成統兩軍。25日，日軍強渡鴨綠江，接著連陷九連城、安東、鳳凰城。29日，諭裕祿飭金州戰備。30日，命提督唐仁廉募勇二十營，會安定、裕祿防剿。11月初，日軍佔領金州、大連，22日旅順失陷，光緒責李鴻章“排程乖方，　職留任”。是日，美國駐華公使田貝向總署表示，願意為中日“調處”，恭親王奕欣等向光緒和慈禧轉達了田貝意願。當時光緒就直接指出：“冬三月倭人畏寒，正我兵可進之時，而云停戰，得毋以計誤我耶？”

光緒對畏敵如虎，不戰即逃之將領嚴加懲處。11月27日，　“擅離職守搖惑人心”的龔照嶼之職。12月3日，革去失金州城的副都統連順之職，撤“救援不利”的提督程之偉和“擁兵不救”的趙懷業之職，並交部治罪。10日，鑑於奉天危急，諭軍機大臣等設法調撥克虜伯炮支援。13日，海城失陷，宋慶退至田莊臺。16日，諭將已因“臨敵退縮”革職，析木城遇敵“又復潰退”的副都統豐升阿，記名提督聶桂林交刑部治罪。次日，又令將葉志超、丁汝昌交刑部治罪。19日復州陷敵。22日，諭軍機大臣等，“亟應整頓隊伍，激勵將士，力遏西竄之路”。並令已　職之提督程允和、張光前和總兵薑桂題留營“帶罪圖功，以觀後效”。同時，光緒在慈禧的壓力下，命張蔭恆、邵友濂為全權大臣，赴日求和，但同時繼續佈置戰事。28日，命劉坤一為欽差大臣，“關內外各軍均歸節制”。

瀛臺

1895年1月，日本艦隊遊弋於成山海面。14日光緒“著李鴻章、李秉衡飭令各軍，加意嚴防”。18日，日軍在榮成灣登陸，不久佔領榮成，攻陷威海衛南幫炮臺。31日光緒頒旨懲罰“臨敵退縮”之輩，並令北洋艦隊和陸軍“奮力衝擊”，“且勿再失事機，致以戰艦資敵”。此後，連發上諭，令海、陸軍加強戰守。7日，日島炮臺失守。9日，定遠管帶劉步蟾自殺。同日光緒詔責李鴻章：聞各艦被擊沉情形，“　勝悲憤，北洋創辦海軍，殫盡十年財力，一旦悉毀於敵，　防縱寇，震動畿疆，李鴻章專任此事，自問當得何罪？”令李鴻章“力圖補救”，“齊力合剿”。17日威海衛失守，不久，慈禧太后派李鴻章赴日求和。李鴻章採用各種手段，以獲得光緒“面諭”“讓地”之權，光緒在投降派和列強的逼迫下，令奕欣代傳其口諭，接受李鴻章“以商讓土地之權”。但必須“斟酌重輕，與倭磋磨定議”。《馬關條約》簽訂後，光緒以喪失領土、主權嚴重，表示堅決“不允”，拒絕簽字用寶。但是，以慈禧為首的投降派，密謀策劃，威逼光緒