歷史上吳有性寫出《溫疫論》的背景是崇禎末年的大瘟疫，那場瘟疫全國橫行十戶九死，河南、河北、山東、浙江等人口聚集區，“五六月間，一巷百餘家，無一家僅免，一門數十口，無一口僅存者”。

一些學者認為滿清能夠成功入關也和這場大瘟疫不無關係，起義軍反覆騷擾幾遍都還沒有崩潰的河南河北，清軍一到卻幾乎是望風而降，以大明的情況再怎麼樣潰敗的也不會那麼快，如果真出現了死亡率這麼高的瘟疫倒是比較能夠解釋。

當時的醫生用治傷寒的方法醫治全部失敗，醫生旁皇無措，吳有性也終於悟出不能全信古書的道理，寫下“守古法則不治今病”的判斷，開始研究當時的瘟疫之症，從頭摸索出一套新的治療方案。

後世學者考證認為這場瘟疫其實就是鼠疫，而且還是海外輸入的新品種。隨著隆慶開海，大量海內外交流自然會帶來新的傳染病。有港口的詔安突然發生前所未見的瘟疫也不是怪事。

王文龍也不知詔安流行的究竟是什麼病症，但是他卻知道控制傳染病的最佳辦法。

王文龍引導說：“先生不如試用實驗之思維，雖然詔安大疫，但總有一些人能夠倖存，先生可仔細回憶，其中有無地方倖存者特別多，他們又和別處有何不同？”

王文龍說道：“這也算是一種實驗，只不過是多場實驗同時進行，有人染病有人倖存，倖存者聚集之處多半因為他們做了什麼可以避免染病的辦法。”

他這話一下提醒了吳有性，吳有性皺眉思索：“詔安有海港，港中多是青壯，但即使如他們也多有染病的，可見此病厲害，並非身體強壯便能逃過一劫。”

想著想著他突然說道：“如此說來倒有一處地方，那是詔安縣一處名為洋尾的村子，我回莆田時經過此村，發現村中幾乎無人染病。”

“此村可是在詔安外圍？”

吳有性搖頭說道：“地雖偏遠但不是人跡罕至之處，詔安有條東溪，溪水在縣界分成東溪幹流和支流滸溪入海，洋尾就在兩溪夾角處，村中常有人到縣中的宮口港去做工的，只不過地震之後，此地交通斷絕，若非行船北上意外擱淺我也不會到這村中。”

吳有性越想越是奇怪：“怪哉怪哉，若是地震之後起邪風帶來風寒，那洋尾正當著風口之上，如何別處人都患病，獨獨他村中得以保全？”

吳有性還在奇怪而王文龍則是已經反應過來：

洋尾村顯然是在河中三角洲地帶，地形也不算平坦，平時只有人口外流到縣中的港口去做事，大災之後交通斷絕自然也沒有多少人回村，傳染病例輸入肯定少。

這時的醫生往往以為傳染病的起源是風邪瘴氣，所以吳有性對於同處一地的一個村莊病人格外少會覺奇怪。

王文龍加以引導問道：“這村子地震之後與外界交通斷絕，沒有多少病人到來，是否就是他們村中不染病的原因？過去的瘟疫或許是風寒暑溼入體，但也許這次瘟疫卻是從人身上傳入，也許正如風氣寒氣一般，人身上也有一種戾氣，傳入人之口鼻就可使人得病。”

“戾氣說”歷史上就是吳有性指出的，他認為疾病不一定是透過自然環境感染，還可能透過接觸患者感染，而“戾氣”進入人體的途徑是透過口鼻傳入。

吳有性一愣，細細思索王文龍所說的可能性，然後便越想越驚訝。

“或許正是如此！”吳有性激動說道，“也許正是這一種戾氣存在，這氣息無聲無臭，人不知是氣，稍聞之下就染疫病。”

王文龍說道：“若是如此，或許將未患病者與病人隔開，就能減少患病人數。”

吳有性若有所思，接著道：“或許還能用紗布掩住口鼻，使戾氣不得孔而入，還可在室中用藥物燻蒸，或者也能起效。”