整飭完內閣和六部，朱佑樘便開始著手處理整頓地方官員，其中也包括邊防的武將。可是，這時卻傳來餘子俊病重的訊息。

這位已經花甲的老人曾用自己最後的餘熱為大明苦築長城一千七百七十里，可謂“盡心邊計，數世賴之”。在朱佑樘人生最灰暗的時候又為了他遠赴甘州，甚至在之後被先帝罷官貶斥。

朱佑樘叫來了太醫院最好的院正為其診治，可是依舊回天乏術。餘大人在完成陳述十事和邊防七事的奏疏後便溘然而逝，朱佑樘為其輟朝一日，追贈他為特進光祿大夫、太保，諡號“肅敏”。

餘大人故去後，由馬文升接任兵部尚書。作為餘大人的老搭檔，馬文升針對國朝兵政廢弛的狀況，在餘子俊的策略上，也採取了一些新措施。例如，嚴格考核將校，將三十多貪賄怯懦的將官罷黜。為了報復馬文升，有人甚至夜持弓箭等候其門，準備行刺，有人還寫書誹謗，射入東長安門內。馬文升還提出，薊州、宣府、大同三鎮已有鎮守太監，不應再設分守、守備、監槍等內臣，應適度裁革。朱佑樘也依其議辦理。

說到兵部，不得不提勤王的功臣李東陽。自從甘州之戰後，李東陽就將兵權交還給了兵部，自己一直在禮部負責喪儀與典儀諸事。對於這個堂兄，朱佑樘一直放在心裡，可是與謝遷不同，李東陽不是科舉出身，甚至還有鬻題案的汙點在身，如何讓他進入內閣，大家都絞盡腦汁。

最後，徐溥以皇帝的文告命令繁多為由，請求仿照先朝王直舊例設官專門負責。這才提升李東陽為禮部右侍郎兼侍讀學士，進入內閣專門主管詔書命令。過了幾個月又以現任職務進入文淵閣，參預機要事務，與謝遷同一天到位。

“兩人同入文淵閣，一齊參與機要。”朱佑樘笑著說。

“他們二人也算有緣，希望後面的日子攜手共進，不要辜負陛下一片苦心才好。”韶齡說。

“你說謝遷知道賓之差點殺了他這件事嗎？”朱佑樘顯然還有些擔心。

“陛下別看謝遷微微一笑便清風拂面，實則能言善辯，可不輸李東陽，若是知道了，那便有怨報怨有仇報仇便是。”韶齡笑道。

“我們就在旁邊看著？”朱佑樘顯然有些驚詫。

“陛下難不成要拿著“帝均”拉架不成？”韶齡問。

“那，咱們便看著吧。”朱佑樘很是贊成地點點頭。