故事發生在明朝永樂年間的曲阜尼山腳下。一日，當地知縣趙大人接到李、王兩家互控的訴狀。緣由是李生娶了王家女為妻，婚後二人關係不諧，李生時常對王氏惡語相向，王氏不堪忍受回了孃家。沒幾日，王氏自行返回。

這次因李生的母親病重，李生嗔怪王氏侍奉不力，再次出手打罵，王氏負氣出走，數月未歸。李生前往王家找尋，王家堅稱王氏並未回孃家，認定是李生謀害妻子後誣陷，雙方因此起了激烈衝突。

後來，王氏的兄長王二牛聽聞鎮上一個叫錢四的人傳言，說李生勾結好友孫五合謀害死了王氏，便以錢四為人證，前來縣衙告狀。

趙知縣即刻傳訊相關人證，錢四卻坦言是道聽途說，不足為信。錢四的父親也作證說錢四平日裡遊手好閒，所言不可當真，還懇請追查教唆王二牛誣告的幕後黑手。

審訊王二牛後得知，狀紙是其遠房表兄王富貴所寫。傳訊王富貴，得知他是個秀才。

王富貴與王二牛雖有親戚之名，卻無實質利害關係，趙知縣遂上報學政，剝奪了王富貴的秀才功名，並下令通緝王氏到案聽審。

王富貴本是鄉里一霸，如今秀才頭銜被奪，心生怨恨，伺機報復。不久，有村民在尼山腳下的河邊發現一具無名屍體，被野狗啃咬，趕忙告知保長報官。

王富貴得知後，搶先找到保長，稱屍體是自己的堂妹王氏，還把王二牛喚來。王二牛一看便知不是妹妹，轉身要走，卻被王富貴拉到一旁低語幾句，無奈之下只好承認這是王氏的屍體。

保長帶著王二牛準備報官，不巧遭遇傾盆大雨，耽擱兩日，天晴後才到縣衙呈報。趙知縣帶著仵作和衙役前去勘驗，不想王富貴早已買通仵作。仵作稱屍體腐爛難辨，王富貴則率王姓族人在屍檢現場大鬧。

趙知縣無奈，只得讓保長和王二牛先將屍體掩埋，再向上司請示處置之法。

此事被山東巡撫周大人知曉。周大人深得永樂帝倚重，威望頗高。他見這是一起借屍聚眾鬧事的案件，深感事態嚴重，便委派鄰縣知縣錢大人重新檢驗屍體。

誰料錢知縣的仵作和刑房書吏都收受了王富貴的賄賂，仵作謊報屍體肋骨有致命傷，刑房書吏在王二牛等人的供詞上添枝加葉，誣陷李生殺妻。錢知縣依此上報，周巡撫當即彈劾了趙知縣，命錢知縣全力查辦此案。

錢知縣有了巡撫的支援，審訊時手段嚴酷。對李生先是用夾棍夾其雙腿，踝骨外露；又用烙鐵燙胸，皮肉焦爛；還讓其跪於炭火之上，李生苦苦求饒，錢知縣不為所動，逼他承認殺妻之事。

李生受刑不過，胡亂招認埋屍之地。先是挖到一座古墳，僅有朽木枯骨；後又挖出一座男子墳墓；再挖多處，終得一具女屍，可仔細一看，髑髏白髮，與王氏年齡懸殊。如此挖了百餘座無主墳墓，仍未找到王氏屍體，每次無果便拷打李生，李生已是奄奄一息。

再審訊李生的好友孫五，同樣施以重刑，孫五身體孱弱，竟死於刑具之下，也未得到有用線索。

此時錢知縣覺得驗屍有誤，審訊仵作張榮，張榮拒不認罪，結果被當堂杖斃。奇怪的是，李生受了那般酷刑未死，仵作張榮卻輕易被打死。

錢知縣明知行刑衙役有貓膩，卻無法治罪，不過也明白張榮之死與驗屍有關，於是從省城請來仵作，重新檢驗，發現竟是具男屍。

原來之前的仵作藉口屍體腐爛難以辨認，錢知縣又不懂分辨男女屍身之法，這才被張榮矇騙。張榮之妻不甘丈夫冤死，到王富貴家理論，王富貴自然矢口否認行賄之事。

張榮妻是個穩婆，一日，王富貴之妻難產，情況危急，雖之前有過爭執，但人命關天，在許以重金後，張榮妻前往幫忙。

見是橫胎，幾人合力仍難分娩，王妻痛極高呼