新利用，很快便遏制住了運河上水盜以及兩岸流寇的勢頭，迫使一些流寇和水盜只能放棄了在運河沿線行掠，要麼遠遁他鄉，要麼便投降了大中軍，使得在肖天健攻下臨清的時候，運河上水盜成患的態勢便基本上得以了遏制，使得運輸船隊在運河上行船的時候安全係數也提高了許多。

臨清拿下之後，肖天健便率部立即逼向了下一個目標，那就是山東北部的重鎮德州。

德州也是一個軍事重鎮，乃是山東北方門戶，歷來都是兵家必爭之地，按理說大明朝廷也應該對這裡非常重視才對，山東布政使司自然也不會輕視這裡的防禦，可是偏偏在這個時候，山東布政使司失去了他們的管理能力，而大明朝廷現在是連京師都自顧不暇了，德州這個軍事重鎮，反倒成了沒人管的地方。

德州其實這個時候還是尚有一些守軍的，但是這幫人現如今成了沒人管的官軍，守將聞聲便先帶著家眷逃跑了，剩下的官兵自然也就沒人想跟大中軍在德州死磕了，於是肖天健本來還打算在德州放手大幹一場，結果他尚未趕到德州，德州的一個參將便先帶著兵馬，出了德州城，迎著肖天健，趕來向肖天健投誠了。

結果肖天健輕取了德州城，甚至連德州城他都沒有進，便留下了幾十個軍官，負責整編德州降兵，他自己便率領大軍，繞城而過，沿著大運河猛撲向了河間府境內的滄州。

就在肖天健在後領兵逐步打通大運河的時候，關寧一帶的戰事卻已經到了糜爛的地步，建奴大軍圍攻寧遠城一個月左右的時間，最終攻破了這座絕望的城池，幾乎將城中軍民屠殺一空，寧遠城中的近五萬軍民不分老幼，在建奴軍攻破城池之後，幾乎全部被屠殺一空。

本來寧遠城雖然彈盡糧絕，但是在洪承疇等人的堅持之下，即便是靠著吃死人肉，還是能堅持一些時日的，但是鎮守寧遠南門的松山副總兵夏承德卻堅持不下去了，眼看著糧草斷絕，援軍也被建奴軍擊潰，所有希望都沒有的時候，夏承德便不願再為大明效死，在四月十五的時候，夏承德趁夜派出了親信潛出城去，聯絡了建奴，表示他願意投降，可以為建奴當內應。

於是奴酋皇太極在得知訊息之後，便立即揮師攻城，夏承德果真如約在城南門放棄抵抗，開了城門放入了建奴大軍，如此一來，寧遠城才算是告破，城內軍民幾乎被建奴軍屠殺一空。

這是一場絕望的奮爭，洪承疇和麾下諸將，這一次在寧遠城為大明做了最後的抗爭，而且改變了歷史的程序，洪承疇戰後失蹤，未能被建奴所俘，自然也就談不上當漢奸了，城中關寧諸將，幾乎全部戰死，只有夏承德和少量他的親信因為叛投建奴，獻門有功，才免於一死，被奴酋繼續授予了二等甲喇章京之職，留在漢八旗的鑲紅旗石廷柱麾下聽令。

這一次寧遠之戰，建奴的雖然攻堅能力提升了很多，但是在城中大明軍民的頑強抵抗之下，雖然他們的炮火幾盡將寧遠城的城牆摧毀殆盡，但是卻還是沒有能順利攻取寧遠城，最終還是在夏承德這個叛徒的開門下，才拿下了寧遠城，說明了一個問題，只要大明的兵將又決死之心，哪怕是建奴炮火犀利，也無法摧毀他們的意志，這一點寧遠的守軍做的是相當可歌可泣的。

但是建奴方面這一戰之中，也表現出了很強的靈活性，他們包圍寧遠，以圍城打援的方式，擊敗了張若麟統帥的楊國柱和唐通的援軍，出了殲滅了鎮守寧遠的兩三萬明軍之外，還殲滅了楊國柱和唐通麾下的三萬多援軍，幾乎將關寧軍全部實力，都消耗在了山海關之外。

取下了寧遠城屠城之後的建奴軍，隨即便在皇太極的率領下揮師南下，兵抵山海關之下，這個時候坐鎮山海關的明將正是吳三桂的老爹吳襄，而他麾下基本上都是當年他一手拉起來的兵將，不過比起當年他鼎盛時期手頭上的兵將，這個時候卻遜色了