有關韃子的情報，都送給了明朝。

此時，明朝遼東巡撫王化貞標下練兵遊擊毛文龍，率領兵丁二百餘人，在朝鮮皮島建立了牽制韃子、聯絡遼民的海外基地，勢力不斷壯大。朝鮮允許毛文龍在本國北部開荒屯田，生產糧食，並且免收賦稅。還允許毛文龍低價購買朝鮮國內的糧食。這一點，對毛文龍的幫助非常大。否則，以東江鎮的幾個海島，以及明國日益晦暗的政局，日漸乾枯的錢糧，根本無法滿足東江鎮軍民的需要。

努爾哈赤要求朝鮮斷絕與毛文龍的往來，遭到朝鮮嚴詞拒絕。在毛文龍生前，朝鮮和毛文龍的關係，一直非常密切。皇太極即位後，曾說“父王不聽我計，臨終方悔……我氣不過就是東江（皮島），只為山險谷深，前埋後伏，且他奸細甚巧，我的動靜言語霎時可知，可恨可恨”。

為了打破明、蒙、鮮三面包圍圈，皇太極公開遣使與遼東巡撫袁崇煥講和，暗地裡則把進攻的矛頭從西邊轉移到了東邊，積極準備攻打朝鮮和消滅毛文龍，消滅後顧之憂。同時朝鮮方面因為韃子的威脅與日劇增，也在加緊進行戰爭準備。

仁祖二年，李倧命令守禦使李曙修築南漢山城。碧巖大師被任命為修築工程的總指揮，動員八道守軍輪流服勞役。兩年以後即仁祖四年，全長9公里、有四將臺、四大門、十六暗門的南漢山城便竣工了。

大明天啟七年（公元1627年，丁卯年，朝鮮仁祖五年，韃子天聰元年）正月初八，皇太極以朝鮮“助南朝兵馬侵伐我國”、“窩藏毛文龍”、“招我逃民偷我地方”、“先汗歸天……無一人吊賀”四項罪名，對朝鮮宣戰。他命阿敏、濟爾哈朗、嶽託等人率軍東征，阿敏率領三萬餘騎渡過鴨綠江，攻佔義州，濟爾哈朗則率領大軍進攻毛文龍駐紮的鐵山。

韃子兵力強大，毛文龍不得不退居皮島。阿敏認為皮島隔海相望，沒有水師，無法進攻，而義州則被韃子輕易攻取，說明朝鮮防禦力量很弱，足以取勝。因此，韃子把進攻目標轉為朝。隨即，阿敏率領大軍南下，一面放兵四掠，一面以待朝鮮請和。

仁祖得到韃子大軍南下、定州失守的訊息，驚恐萬狀，將后妃子女送到江華島避難。阿敏部將乘勝前進，先後攻佔安州、平壤，至中和乃停止前進，駐營安扎。此時仁祖也已逃往江華島，並命使臣到韃子營中投書求和。

雙方經過一個多月的談判，朝鮮迫於韃子的軍事壓力，基本上答應了韃子提出的入質納貢、去明年號、結盟宣、約為兄弟之國等要求，惟有永絕明朝一條不同意。最後阿敏讓步，向朝鮮表示“不必強要”。

三月初三，仁祖率領群臣和韃子代表南木太等八大臣在江華島焚書盟誓。雖然阿敏在盟誓上署名了，但是對朝鮮誓文不滿意，便令八旗將士分兵擄掠三日，使朝鮮京畿道海邊一帶“盡成空壤”。隨後韃子撤軍到平壤，奉皇太極命令不再後撤，揚言“大同江以西，不可復還”，又逼迫朝鮮簽訂了平壤誓約，在中江、會寧開市、索還韃子逃人、追增貢物。

這次入侵，在朝鮮歷史上被稱為“丁卯胡亂”或者“丁卯虜亂”。對於明國計程車大夫來說，丁卯胡亂實在是不光彩的事情，連溫體仁都羞於提起。做大哥的，沒有能力保護自己的小弟，白白的看著他被外人欺負了，卻沒有辦法討回公道來。偏偏這個小弟對大哥還是念念不忘，淚眼婆娑，可憐兮兮的，當真是令做大哥的覺得慚愧。

丁卯胡亂之後，韃子和朝鮮的兄弟關係並不和睦。韃子軍一退，朝鮮馬上嚮明朝“疏奏被兵情節”。崇禎帝在答詔中對朝鮮被迫與韃子媾和的行為表示諒解，同時表彰朝鮮“君臣大義，皎然日星”。崇禎對於朝鮮被韃子欺負，心裡當然也很不舒服。只是，他的確沒有能力幫助朝鮮。明國自己的情況，當時也是相當的不妙。

崇禎二年（公元1