軍和居民聽到這個訊息時，居然情緒低落，坐以待斃。拖雷只用了一天時間，就攻陷馬魯城。他把居民不分貴賤統統趕到郊外。一連四天四夜，百姓不斷離城。拖雷又命令把婦女和男子分開來。除了從百姓中挑選的四百名工匠及掠走為奴的部分童男童女外，其餘所有居民，包括婦女、兒童，統統殺掉，一個不留。

從馬魯城屠殺現場離開後，拖雷晝夜不停，直趨你沙不兒，他要為脫忽察兒復仇。你沙不兒守軍自從射殺脫忽察兒後，早已料到蒙古兵團必會前來複仇。而且他們也知道，蒙古人不會接受他們的投降。和馬魯城不一樣，你沙不兒城所有人都抱著破釜沉舟之心，要和蒙古人一決生死。

人在同一刺激下，產生的反應迥然不同，說明人和人的確不一樣。

你沙不兒城為迎接拖雷，準備了發弩機三千架、拋石機五百臺、油鍋一千口、沸騰的油五千斤。拖雷先掃蕩了你沙不兒城外圍防禦，然後圍住此城，他也為這座即將變成地獄的城池準備了一份厚禮：發弩機三千架，拋石機三百臺，火焰放射器七百支，雲梯四千架，又從附近山上集中了巨石兩千五百石。這些比車輪還要大的石頭被拋石機丟擲去後，無堅不摧。

你沙不兒守將在城上看拖雷辦武器展覽，急忙調派算數能力強的人到城上來數數，最後得出結論，大家旗鼓相當，只不過咱們沒有那麼巨大的石頭。面對那些巨大的石頭，你沙不兒守軍心驚膽戰，守將抱著試試的態度，派了幾個穆斯林長老到拖雷營中請降。

拖雷斷然拒絕，穆斯林長老們說，可以把殺害蒙古官員的兇手交給拖雷，拖雷回答：“人人都有罪，人人都是同謀，人人都是兇手。”

這番很有哲學味道的話讓穆斯林長老們一頭霧水，回到城中把這句話說給守軍聽，你沙不兒守軍也摸不著頭腦，不過他們確定了一件事：戰爭馬上就要開始，等待他們的將是不祥。

1221年四月七日，拖雷兵團對你沙不兒城發動總攻，雙方的發弩機和拋石機互射，沸騰的油從城牆上傾瀉下來，巨大的石塊如山一樣砸向你沙不兒的城牆。經過一晝夜的猛攻，第二天凌晨，你沙不兒城城牆裂了七十多個口子，蒙古軍一擁而上，衝入城中。你沙不兒守軍和蒙古軍展開慘烈的巷戰，又經過一晝夜，蒙古人才徹底消滅抵抗力量，拖雷進城，屠殺開始。

據說，整個屠殺行動是由成吉思汗的女兒，也就是脫忽察兒的老婆指揮的。這位剛經歷喪夫之痛的女人下令屠城後，又把已死百姓的頭顱區分為男人、女人和孩童，堆進三個不同的金字塔內。隨後，她又下令處死城內的貓、狗以及其他一切有生命的動物，據說，這樣一來，就再也沒有有生命的動物可存活下來傷害她的丈夫了。

把你沙不兒城變成廢墟後，拖雷分兵一支去攻擊呼羅珊地區的次要城市，而他本人則統帥主力軍，向東進發，圍攻今阿富汗西北部的名城也裡（今阿富汗赫拉特）。也裡城是中亞、南亞同西亞各地區交通、貿易的樞紐，戰略位置相當重要。拖雷派人到城中勸降，也裡城守將給的答案是殺掉拖雷的使者，把人頭扔出城外，同時勉勵守軍死守，不是為摩訶末，而是為了也裡城的尊嚴。

拖雷只好付諸強攻，攻擊八日，也裡城屹立不倒。但在蒙古人的強大攻勢面前，也裡城一部分守軍已意志渙散，拖雷得到此訊息後，第二次派人進城勸降，並向也裡守將承諾，只要投降，即可免全城生靈塗炭。也裡守將相信了拖雷，開城門投降。拖雷沒有信守承諾，將守軍一萬餘人全部屠殺，不過他也信守了承諾，沒有屠殺也裡城的百姓。

拖雷攻陷也裡城後，他的那支偏師也取得重大成果，把呼羅珊所有的小城池全部攻陷，整個呼羅珊地區盡被蒙古人重新掌控。

一直以來，成吉思汗在呼羅珊搞的大屠殺是其人生中的一