拉之後，善好的事情也是千頭萬緒，十分複雜，這也是商毅堅持要自己帶兵出征的一個重要原因，成鋼和黃震在這方面還嫩了一點。

商毅首先宣佈，菲律賓這個名字正式取消，以後全部都以“呂宋”為這一地區的稱名，菲律賓群島也改名為呂宋群島。而聖地亞哥堡，改名為鎮南堡。不過其他各島嶼的名稱和馬尼拉城的名字保持不變。雖然說名字只是一個代號，但仍然十分重要，菲律賓全面改名為呂宋，也標誌著這一片島嶼的主權正式發生了變更。

當然名稱的改變只是一種像徵意義，呂宋地區的最大作用，還是在於作為歐州和美州地區通向中國的一個貿易中轉站，儘管它距離中國大陸的路程只有十五到二十天的距離，但依然是一個重要的商品集散地和中途的補濟點。用後世的話來說，是一個物流集散中心。

商毅佔領馬尼拉，不僅僅是看重了呂宋地區的地理優勢，同樣還有呂宋地區的自然資源，呂宋地的銅礦十分豐富，也有相當的鐵礦和金礦儲量，這些都是前商毅正需要的金屬礦產。另外呂宋群島屬於亞熱帶地區，不僅森林資源豐富，盛產水稻、玉米，而且還可以種植多種熱帶作物。

西班牙殖民者在馬尼拉經營了八十餘年，雖然是殖民統治，但也確實給呂宋地區帶來了先進的技術，並且進行了一定的開發，開避了許多農業種植水稻、玉米、甘蔗等作物，由其是在呂宋引入了甘蔗種植，這是榨食糖的重要原料，而食糖在這個時代，也是一項重要的商品。當然這也有相當一部份功勞是華人的辛勤勞動。因此無論是從長遠還是短期，呂宋地區都將會給自己帶來巨大的財富。

首先是儘快穩定馬尼拉的生活秩序，讓其他華人儘快定居下來，各自開始各自的生管，而這一點在攻下馬尼拉城之前，張庚秋等人就己經開始在做了。

其次是恢復與各地的正常貿易來往。因為在目前來說，馬尼拉最主要的收入還是來往商船的關稅，和商品流通帶來的財富。歷史上每一次馬尼拉華**屠殺之後，都會給馬尼拉帶來一次經濟衰退，然後再慢慢的恢復，因為馬尼拉的貿易活動，主要是依靠中國的商皓。而這一次大屠殺實際並未完全進行，而且中華軍佔領馬尼拉之後，中國的商船仍然繼續來到馬尼拉，而只要中國商船來，那麼其他各囯的商船也都會隨之而來，因此對馬尼拉的貿易影響並不大。

當然現在馬尼拉的貿易來往；是由中國人來主導了，因此商毅也委任張庚秋，從當地華人中選出十幾名較有聲望和影響力的人，付責管理馬尼拉與其他各國的貿易來往，收取關稅等等，同時也告之各國，現在呂宋地區己經由中國的南京政府接管了。

馬尼拉的內政只是一方面，另外還有對外的戰爭並未完全結束，現在中華軍控制的只有呂宋島，而在呂宋群島的其他諸島，中華軍還沒有真正來得及染指，而且就是在呂宋島，中華軍實際能夠控制的，也只是馬尼拉城和周邊的地區，其實只佔了呂宋島的極小一倍份。在中華軍控制以外的地區，還散佈著大量的傳教士，而呂宋島上的各土著部族，還沒有向中華軍正式臣服。另外還有從馬尼拉城逃跑的大主教，也還下落不明，這也是一個極大的隱患，必需清除掉。

因此商毅也命人四處打聽，大主教弗朗西斯科的下落。同時也派出部隊，去接收西班牙殖民者在馬尼拉地區開避經營的各工廠、農場、莊園等資產，首先進行清點查封，登記造冊，準備進行拍賣。並且派人回國通告國內的各大商家，有興趣的人都可以來馬尼拉來，拍實大會將在二個月後進行。

三天之後，馬尼拉地區的生活秩序基本恢復，八成以上的華人也都定居下來，還有少數店鋪也都開張營業，而且馬尼拉地區的工廠、農場、莊園等等也基本被中華軍清點査封，一共有四十三處。

而這時在棉蘭老