期唯總監督馬首是瞻的衙門作風自不必說，北京大學成立之後，學校權力仍掌握在以校長為首的少數幾個人手中。正如蔡元培後來所說：“我初到北京大學，就知道以前的辦法是一切校務都由校長與學監主任、庶務主任少數人總理，並學長也沒有與聞的。我以為不妥，所以第一步組織評議會，給多數教授的代表議決立法方面的事；恢復學長許可權，給他們分任行政方面的事。但校長與學長仍是少數，所以第二步組織各門教授會，由各教授與所公舉的教授會主任分任教務。將來更要組織行政會議，把教務以外的事務均取會議制。並要按事務性質，組織各種委員會來研討各種事務。”

1917年，蔡元培主持建立了北大評議會，作為全校的最高立法機構。評議會由評議員若干人組成，校長是當然的議長，評議員由各科學長和各科分別推舉的教授代表二人組織，任期一年。1919年以後，評議員除校長和各科學長外，每5名教授選一名代表為評議員，一年改選一次。凡學校章程與條令的稽核透過、學科廢立、課程設定、教師的審聘、學校預決算等重大事項，都必須經過評議會的討論決定，才能執行。

評議會實際上是一個教授會，是蔡元培教授治校的重要體現，在實際操作過程中也確可以“容納眾人意見”，具有民主討論的風氣。曾任過評議員的李書華教授後來回憶說：“目睹開會時對於各議案的爭辯，有時極為激烈。”北大評議會中新派人物佔有多數，在五四運動時期，他們能支援全校師生的愛國活動，多次發表反對北洋軍閥政府的宣言，並幾次宣佈和北京政府教育部脫離關係。

由校長、各科學長和教授代表組成的評議會，畢竟只有少數幾個人，所以蔡元培決定組織來源更廣、更有代表性的各科教授會。1917年12月，北大評議會透過各科教授會組織法，隨後分別成立了各學科教授會。1919年廢門改系後，北大成立各系教授會。系主任由教授會投票選舉。當時規定，系主任必須是教授，如一個系僅一名教授，這人就為系主任，無二話可說；有兩人則按期輪值，以先到者為始；三人以上互相選舉，如票數相等，校長可增投一票決定人選。教授會負責規劃本系的教學工作。

1919年4月，蔡元培又在北大成立了教務處和總務處，這是蔡元培實施教授治校體制的第三步。蔡元培開始改革時，加強各科學長的職責，由學長負責各科的行政、教學工作，但這只是過渡，因為這易造成學長權力的集中。按他的民主辦學的設想，是要按學校的行政、教務和事務方面分別設立各種相關的委員會，由有關教授分別領導，統一管理。大學的事務都由大學教授所組織的教育委員會主持，大學校長也由委員會選出。這樣一來，學校的民主根基牢固，內部組織結構完備，在“城頭變幻大王旗”的軍閥混戰歲月裡，無論外部形勢發生怎樣變化，也無論何人來任校長，都不能獨斷專行，禍害北大。即使照德國的辦法，一年換一個校長，也不成問題。

1919年3月，學校評議會透過了文理科教務處組織法，準備成立教務處。教務處由各科教授會主任組成，從中推出一人任教務長，襄助校長領導全校教學，任期一年。原計劃這個組織法在該年暑假後與分系制一起實行，但因這時社會上攻擊北大甚猛，尤對陳獨秀特別激烈，蔡元培為避鋒芒，緩和氣氛，決定提前實行文理科教務處組織法。4月8日，蔡元培召集有關會議，籌組教務處，選舉教務長。馬寅初當選為北大的第一任教務長。

在成立教務處的同時，北大還成立了總務處，主管全校的人事和財政。首任總務長蔣夢麟後來也做到北大校長，對北大的發展作出過重大貢獻，有很不錯的口碑。

1919年9月，蔡元培經五四運動後返校任職，進一步調整了北大的學校組織。到年底，北大除仍設評議會