是有船裝運他們去埃及或者法國？你們為什麼這樣給我辦事呢？〃兩位將軍辯解說，總司令曾指示他們要禁止殺戮。〃是的，〃總司令以滿腔熱情答道：”對於婦女、孩童和老人即一切和平居民，但不包括武裝士兵。你們的職責是要他們去死，而不該把這幫不幸的傢伙帶給我，你們要我把他們怎麼辦？〃當天，拿破崙召集各位師長討論如何處置這批俘虜，各師長一致認為現在口糧已不足，士兵們已多有怨言，再也不能把麵包發給敵人吃，否則，軍隊將發生譁變。拿破崙猶豫不決，翻來覆去思考了3天，最後決定將這批俘虜槍斃。第四天，4000名俘虜被押至海岸，一陣槍響，全部俘虜倒地而斃，這一慘劇令每個在場的人不寒而慄。

攻佔雅法之後，瘟疫開始在軍中流行，法軍損失了約8000人。但瘟疫並沒能阻止拿破崙的前進。3月20日，法軍包圍了阿克爾城堡。阿克爾城堡位於三面環水的半島上，是巴勒斯坦的軍事要衝，也是土耳其總督傑扎爾賴以頑抗的據點。阿克爾城堡有大炮250門，其守將是一位年長而英勇的人，他率領著一支非常強大的守城隊伍。另外，阿克爾城堡還得到了一個英國海軍支隊的支援，這個海軍支隊擁有2艘戰艦和幾艘炮艇，其指揮是英國人西德尼。史密斯。在英國海軍的旗艦上還有一位暫時充作英國陸軍上校的法國炮兵軍官菲利波。菲利波原是拿破崙在布里埃納軍事學校的同學，因參與反革命叛亂而被囚禁在巴黎的監獄。1798年4月21日，他同一些王黨分子一起幫助扣押在巴黎的英國軍官西德尼。史密斯逃出監獄。3月15日，他們到達阿克爾。由於他們二人在城中協助作戰，更增加了法軍攻克阿克爾城堡的難度。

這天，裝載攻城火炮的法國船隻到達阿克爾海邊，拿破崙立即下令攻擊。不巧海上大霧瀰漫，看不清前面的目標，法軍船隻一直衝入到英國海軍的懷抱中，英國海軍不費吹灰之力便將船上的法軍擒住了。船上的大炮也被土耳僕人拿來對付法軍了。儘管沒有大炮攻城，拿破崙還是包圍了要塞的陸牆。3月28日，法軍發動了第一次不成功的突襲。4月1日，又發動了一場突擊，仍未成功。法軍不僅攻城損失慘重，而且每週死於瘟疫的多達140人。

在此之前，拿破崙從未遭受過失敗，這次，他仍相信幸運之神不會其他而去。就在幾次攻擊失敗以後，他還這樣對秘書布里昂說：“我知道這個倒楣的地方已奪去我許多人的性命，消費了我許多時間。但是，事已至此，不能不試最後一著。如果我如願以償地成功，我會在城中找到總督的財寶和可供30萬人的武器。我要鼓動並武裝敘利亞的平民，他們憎恨傑扎爾的殘暴。你也知道，每次攻勢中，他們都默禱他的毀滅。然後，我要向大馬士革和阿勒波進軍。向這個國家挺進時，不滿暴政的百姓將雲集在我的旗幟周圍，擴大我的軍隊。我要向民眾宣佈廢除奴役制和土耳其的暴虐政府。我要親率大軍光臨君士坦丁堡。我要推翻土耳其帝國，並在東方建立一個偉大的新帝國，把我的名字載入史冊。”

拿破崙對未來充滿必勝信心，可阿克爾城堡守衛的強大卻打破了他的東方之夢。法軍圍攻阿克爾城堡歷時2個月，期間猛攻8次，均以失敗而告終。由於損失慘重，拿破崙不得不放棄圍攻。5月17日，拿破崙宣佈返回埃及。拿破崙至死仍對沒有攻陷阿克爾城堡感到遺憾，他在聖赫勒拿島的回憶錄中說：“如果阿克爾早陷落，我當改變世介面目。〃〃東方的命運決定於那個小鎮。”

5月20日，法軍乘夜間悄悄撤離阿克爾城堡。病號和傷員已先期2天送走了。撤退比進軍時更加艱苦，因為已經到了5月末，這些地方酷熱難忍。士兵們既為難熬的乾渴所折磨，又為火一般的烈日所暴曬，個個意志消沉。為了鼓舞士氣，拿破崙不允許自己和其他高階軍官有任何特殊化。瘟疫越來越嚴