重，患者不得不留下，只有傷員仍舊帶走。拿破崙命令所有的人急忙趕路，馬、所有四輪車和馬車全部用來運載傷員。這個命令下達以後，他的一個負責管理馬匹的軍官認為總司令應當例外，問他要哪一騎馬，拿破崙大發雷霆，上前給問話的人一個耳光，並大聲喊道：“全體步行！我第一個先走！難道你不知道命令嗎？滾蛋！”

由於缺少馬匹，許多重炮不得不丟棄在沙漠裡。士兵們對大炮的丟失倍感痛心，因為大炮曾使他們屢戰屢勝，大炮曾使歐洲為之震驚。

5月24日，法軍回到雅法。拿破崙下令炸燬該鎮。27日，一聲巨響，該鎮頓時夷為平地。1小時之後，拿破崙與數名醫師商議後決定，用藥物提前結束那些已瀕於死亡的疾病患者的生命。

法軍繼續在酷熱的沙漠中穿行。乾渴難忍計程車兵常常看見那虛幻的海市蜃樓，儘管每次上當，但每次看見時仍奔向那空幻的湖泊。等奔至近前，這些湖泊便化為鹽鹼沙漠，失望之情難以言喻。戰馬也因貪飲沙漠中的鹹水，大量倒斃在路旁。

經過25天的艱難行軍，6月14日，法軍終於抵達開羅。為了穩定人心，拿破崙釋出了一些哄人的公告，他說：“我帶回了大批俘虜和軍旗，我已掃平了傑扎爾的宮殿和阿克爾城牆。全體居民都已由海道離開該鎮，傑扎爾受了重傷。〃他說迴轉開羅只不過是由於穆拉德貝伊又出來作亂了。他命繆拉將軍前去圍剿穆拉德貝伊。穆拉德聞訊，迅速退去了。

離開埃及一個月後的一個傍晚，一名阿拉伯使者全速向拿破崙的住處奔來，他送來了駐紮在亞歷山大港的馬爾蒙將軍的一份報告，報告中說：土耳其軍在英國艦隊的保護下在阿布基爾登陸，15000名敵軍已經上岸。這個訊息並未驚動拿破崙，他期待這個機會已經多時了。

他一刻也不遲緩，迅速率領軍隊開往前線。

這時，阿布基爾要塞和阿布基爾村後面的一處堡壘均已陷入土耳其軍之手，駐守此地的法軍全部被俘。坐鎮在亞歷山大港的馬爾蒙曾趕來救援，但見情形不妙，又回師固守亞歷山大港。正當馬爾蒙擔心亞歷山大港可能遭土軍圍攻時，拿破崙的軍隊及時趕到了。7月24日拂曉，法軍開始攻擊土軍防線，繆拉率領一個騎兵旅奮勇衝殺，突破土耳其防線，砍傷和俘獲了土軍司令。土耳其全軍湧入海中，被殺者或溺死者達幾千人。倖存者重新登艦，拋棄了他們攜帶上岸的一切，倉皇逃竄。進攻、交戰、敗北、潰退，全都發生在轉瞬之間，拿破崙得意洋洋地寫道：“這是我所看到的最出色的戰役之一。”

拿破崙已有10個月沒有得到法國和歐洲的任何訊息，這次打敗土耳其登陸部隊，他想借機到土耳其那裡瞭解一些歐洲的訊息。他派使者送休戰旗到土耳其海軍艦隊司令艦上，沒想到使者為英國海軍司令西德尼。史密斯所阻。他嚴密防範土軍和法軍間有任何直接的聯絡。按照史密斯的要求，休戰旗送到了他的座艦。使者受到了良好的接待。英艦司令料想拿破崙還不知道義大利的慘劇，故意幸災樂禍地將一卷報紙當作禮物送給拿破崙。

使者帶回了報紙，拿破崙豈不及待地連夜翻閱，並不斷地發出憤怒的喊聲。原來，在拿破崙遠征義大利期間，一個強大的反法聯盟又成立了，法國丟失了義大利，法軍在萊茵地區一敗再敗。法國國內四分五裂，到處存在著怨恨和不滿情緒。〃一群笨蛋！義大利丟了！我的一切勝利果實都丟了！我們必須離開埃及。〃拿破崙看完報紙憤怒地說。

第二天清晨，拿破崙召來貝爾蒂埃和新任命的海軍司令岡